maryohg Goto Github PK

16s_tutorial

app_plantres_metagenome

This is a repository for data and console/R script used for metagenomic data analyses in the "application of maize plant residues alters the microbiome composition and its functioning in a soil under conservation agriculture: a metagenomics study".

bracken

Bracken (Bayesian Reestimation of Abundance with KrakEN) is a highly accurate statistical method that computes the abundance of species in DNA sequences from a metagenomics sample.

cicese_curso-r-062023

This is my place to save some simple but useful R scripts for myself

easyr

how-to-install-qiime-1.9.1-in-ubuntu-xenial

This repository describes how the 16S sequences where analyzed using QIIME and other tools.

hpru_metagenomics

Import and process results from a metagenomics output e.g. metaphlan2

metagenomas_del_golfo_mexicano

En este repositorio se divulgará el protocolo de análisis de metagenomas de sedimentos del fondo marino del Golfo de México. Esto como parte de la generación de conocimiento sobre las comunidades procariontes de dicho ambiente.

metagenomics-workshop

Metagenomics Workshop

microbiota-v4-intestinal

V4 16s sequence processing analyses

piper_auritum

portillo_etal

Repositorio que contiene los datos de secuencias, metadatos, y resultados de los análisis de: "Portillo-Bobadilla et al. (2022) - Una introducción a la bioinformática: avances en la biología y ciencias de la salud."

protocolo_qiime2_16s

Este repositorio contiene los archivos necesarios para correr el protocolo de análisis de secuencias del marcador 16S rRNA (2 regiones hipervariables, V3-V4) provenientes de muestras de suelo de agricultura.

taller_intro_r_cicese-2023

Repositorio que contiene los archivos, scripts, presentaciones y bibliografía del "Taller de Introducción al Lenguaje R". Taller organizado por el "Laboratorio de Metagenómica" bajo la dirección de la Dra. Lago Lestón M, del departamento de Innovación Biomédica CICESE.

tib-filoinfo

Talleres Internacionales de Bioinformática - Centro de Ciencias Genómicas, UNAM, Cuernavaca, México

ujat_curso_r_062023

Repositorio para alojar las bases de datos, comandos y scripts, y presentaciones para el curso titulado "Introducción al uso de R y RStudio: manejo de base de datos, gráficos y análisis estadísticos", impartido a estudiantes e investigadores de la DIvisión Académica de Ciencias Básicas de la Universidad Juárez Autónoma de Tabasco.