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Comments (9)

ukaukaaaa avatar ukaukaaaa commented on May 24, 2024

您好,非常荣幸能够拜读您的文章,我有一些问题不是很明白,希望您能够解答一下:
1、第一个Global Dose Network是否有损失函数(例如MAE损失)进行监督?
2、第二个Beam-wise Dose Network的U-NET网络中输入和输出分别是几通道的,具体包含了哪些部分?
3、Lm和总损失函数L的比例是多少?
非常感谢您!

您好,感谢关注。

  1. 第一个global network 是有mae loss做监督的。
  2. 第二个网络中输入通道由ct, ptv, oar, beam masks, coarse dose组成,输出就是dose map。
  3. 这个问题可以参考 #1

from beamdoseprediction.

jianglexin avatar jianglexin commented on May 24, 2024

您好,非常荣幸能够拜读您的文章,我有一些问题不是很明白,希望您能够解答一下:
1、第一个Global Dose Network是否有损失函数(例如MAE损失)进行监督?
2、第二个Beam-wise Dose Network的U-NET网络中输入和输出分别是几通道的,具体包含了哪些部分?
3、Lm和总损失函数L的比例是多少?
非常感谢您!

您好,感谢关注。

  1. 第一个global network 是有mae loss做监督的。
  2. 第二个网络中输入通道由ct, ptv, oar, beam masks, coarse dose组成,输出就是dose map。
  3. 这个问题可以参考 Questions about hyper-parameters to balance the two DVH loss terms #1

您好,非常感谢您回答我的问题。关于第二个问题,我可能没有表达清楚,请允许我再请教一下。
您在network代码中提到Global Dose Network和Beam-wise Dose Network使用了相同的结构但是不同的输出通道,我想请教几个问题,希望您能够解答一下:

1、U-NET网络输出的是一个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm?还是输出的是九个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm?
2、损失函数Lm是否参与第一部分Global Dose Network的监督与优化

再次感谢您!

from beamdoseprediction.

ukaukaaaa avatar ukaukaaaa commented on May 24, 2024

您好,非常荣幸能够拜读您的文章,我有一些问题不是很明白,希望您能够解答一下:
1、第一个Global Dose Network是否有损失函数(例如MAE损失)进行监督?
2、第二个Beam-wise Dose Network的U-NET网络中输入和输出分别是几通道的,具体包含了哪些部分?
3、Lm和总损失函数L的比例是多少?
非常感谢您!

您好,感谢关注。

  1. 第一个global network 是有mae loss做监督的。
  2. 第二个网络中输入通道由ct, ptv, oar, beam masks, coarse dose组成,输出就是dose map。
  3. 这个问题可以参考 Questions about hyper-parameters to balance the two DVH loss terms #1

您好,非常感谢您回答我的问题。关于第二个问题,我可能没有表达清楚,请允许我再请教一下。 您在network代码中提到Global Dose Network和Beam-wise Dose Network使用了相同的结构但是不同的输出通道,我想请教几个问题,希望您能够解答一下:

1、U-NET网络输出的是一个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm?还是输出的是九个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm? 2、损失函数Lm是否参与第一部分Global Dose Network的监督与优化

再次感谢您!

  1. 第二个unet输出的时候实际上是九个通道叫predicted beam voters,这时候loss分两部分,第一部分是9个predicted beam voters和ground truth beam voters 做mae loss也就是Lm,第二部分是将九个通道通过multi-beam voting重建为一个dose map 然后和ground truth dose map做loss包括了mae(Lr loss)和dvh loss。这里要注意第二个unet输出的时候一定要乘上beam mask再和ground truth beam voters做loss,因为网络预测的可能不准,并且我们只想计算beam path上的voxel difference
  2. 有两种做法,一种是两个unet分开训练,训练第一个的时候就没有Lm了,就用mae和dvh loss。第二种是合起来训练,这时候第一个网络因为只输出一个dose map,所以Lm仍旧不参与训练

from beamdoseprediction.

jianglexin avatar jianglexin commented on May 24, 2024

您好,非常荣幸能够拜读您的文章,我有一些问题不是很明白,希望您能够解答一下:
1、第一个Global Dose Network是否有损失函数(例如MAE损失)进行监督?
2、第二个Beam-wise Dose Network的U-NET网络中输入和输出分别是几通道的,具体包含了哪些部分?
3、Lm和总损失函数L的比例是多少?
非常感谢您!

您好,感谢关注。

  1. 第一个global network 是有mae loss做监督的。
  2. 第二个网络中输入通道由ct, ptv, oar, beam masks, coarse dose组成,输出就是dose map。
  3. 这个问题可以参考 Questions about hyper-parameters to balance the two DVH loss terms #1

您好,非常感谢您回答我的问题。关于第二个问题,我可能没有表达清楚,请允许我再请教一下。 您在network代码中提到Global Dose Network和Beam-wise Dose Network使用了相同的结构但是不同的输出通道,我想请教几个问题,希望您能够解答一下:
1、U-NET网络输出的是一个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm?还是输出的是九个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm? 2、损失函数Lm是否参与第一部分Global Dose Network的监督与优化
再次感谢您!

  1. 第二个unet输出的时候实际上是九个通道叫predicted beam voters,这时候loss分两部分,第一部分是9个predicted beam voters和ground truth beam voters 做mae loss也就是Lm,第二部分是将九个通道通过multi-beam voting重建为一个dose map 然后和ground truth dose map做loss包括了mae(Lr loss)和dvh loss。这里要注意第二个unet输出的时候一定要乘上beam mask再和ground truth beam voters做loss,因为网络预测的可能不准,并且我们只想计算beam path上的voxel difference
  2. 有两种做法,一种是两个unet分开训练,训练第一个的时候就没有Lm了,就用mae和dvh loss。第二种是合起来训练,这时候第一个网络因为只输出一个dose map,所以Lm仍旧不参与训练

您好,非常抱歉再次打扰您,我有一些训练细节方面的问题想请教您:
1、您在训练的时候,采用的是两个U-NET分开训练的方法还是合起来训练的方法
2、在数据处理方面,您在文章中提到将PTV和OAR区域合并到一个mask,我想确认一下您是将PTV合并到一个mask、OAR区域合并到另一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV、OAR三个通道),还是将PTV和OAR区域合并到同一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV与OAR合并图两个通道)
3、您在训练模型的时候,一共训练了多少个epoch?每个epoch中训练多少个数据?
4、您在训练第一个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层?
5、您在训练第二个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层?
非常感谢您!

from beamdoseprediction.

ukaukaaaa avatar ukaukaaaa commented on May 24, 2024

您好,非常荣幸能够拜读您的文章,我有一些问题不是很明白,希望您能够解答一下:
1、第一个Global Dose Network是否有损失函数(例如MAE损失)进行监督?
2、第二个Beam-wise Dose Network的U-NET网络中输入和输出分别是几通道的,具体包含了哪些部分?
3、Lm和总损失函数L的比例是多少?
非常感谢您!

您好,感谢关注。

  1. 第一个global network 是有mae loss做监督的。
  2. 第二个网络中输入通道由ct, ptv, oar, beam masks, coarse dose组成,输出就是dose map。
  3. 这个问题可以参考 Questions about hyper-parameters to balance the two DVH loss terms #1

您好,非常感谢您回答我的问题。关于第二个问题,我可能没有表达清楚,请允许我再请教一下。 您在network代码中提到Global Dose Network和Beam-wise Dose Network使用了相同的结构但是不同的输出通道,我想请教几个问题,希望您能够解答一下:
1、U-NET网络输出的是一个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm?还是输出的是九个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm? 2、损失函数Lm是否参与第一部分Global Dose Network的监督与优化
再次感谢您!

  1. 第二个unet输出的时候实际上是九个通道叫predicted beam voters,这时候loss分两部分,第一部分是9个predicted beam voters和ground truth beam voters 做mae loss也就是Lm,第二部分是将九个通道通过multi-beam voting重建为一个dose map 然后和ground truth dose map做loss包括了mae(Lr loss)和dvh loss。这里要注意第二个unet输出的时候一定要乘上beam mask再和ground truth beam voters做loss,因为网络预测的可能不准,并且我们只想计算beam path上的voxel difference
  2. 有两种做法,一种是两个unet分开训练,训练第一个的时候就没有Lm了,就用mae和dvh loss。第二种是合起来训练,这时候第一个网络因为只输出一个dose map,所以Lm仍旧不参与训练

您好,非常抱歉再次打扰您,我有一些训练细节方面的问题想请教您: 1、您在训练的时候,采用的是两个U-NET分开训练的方法还是合起来训练的方法 2、在数据处理方面,您在文章中提到将PTV和OAR区域合并到一个mask,我想确认一下您是将PTV合并到一个mask、OAR区域合并到另一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV、OAR三个通道),还是将PTV和OAR区域合并到同一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV与OAR合并图两个通道) 3、您在训练模型的时候,一共训练了多少个epoch?每个epoch中训练多少个数据? 4、您在训练第一个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 5、您在训练第二个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 非常感谢您!

  1. 我是分开训练的
  2. 不是的,ptv和oar各自合并成一个mask,每个mask里面不同ptv或者不同oar用不同的value代表。
  3. epoch数是1000,使用的数据是官方数据集的训练集
  4. 我使用的都是instancenorm,因为gpu资源限制问题无法使用大batch size就使用了instancenorm

from beamdoseprediction.

jianglexin avatar jianglexin commented on May 24, 2024

您好,非常荣幸能够拜读您的文章,我有一些问题不是很明白,希望您能够解答一下:
1、第一个Global Dose Network是否有损失函数(例如MAE损失)进行监督?
2、第二个Beam-wise Dose Network的U-NET网络中输入和输出分别是几通道的,具体包含了哪些部分?
3、Lm和总损失函数L的比例是多少?
非常感谢您!

您好,感谢关注。

  1. 第一个global network 是有mae loss做监督的。
  2. 第二个网络中输入通道由ct, ptv, oar, beam masks, coarse dose组成,输出就是dose map。
  3. 这个问题可以参考 Questions about hyper-parameters to balance the two DVH loss terms #1

您好,非常感谢您回答我的问题。关于第二个问题,我可能没有表达清楚,请允许我再请教一下。 您在network代码中提到Global Dose Network和Beam-wise Dose Network使用了相同的结构但是不同的输出通道,我想请教几个问题,希望您能够解答一下:
1、U-NET网络输出的是一个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm?还是输出的是九个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm? 2、损失函数Lm是否参与第一部分Global Dose Network的监督与优化
再次感谢您!

  1. 第二个unet输出的时候实际上是九个通道叫predicted beam voters,这时候loss分两部分,第一部分是9个predicted beam voters和ground truth beam voters 做mae loss也就是Lm,第二部分是将九个通道通过multi-beam voting重建为一个dose map 然后和ground truth dose map做loss包括了mae(Lr loss)和dvh loss。这里要注意第二个unet输出的时候一定要乘上beam mask再和ground truth beam voters做loss,因为网络预测的可能不准,并且我们只想计算beam path上的voxel difference
  2. 有两种做法,一种是两个unet分开训练,训练第一个的时候就没有Lm了,就用mae和dvh loss。第二种是合起来训练,这时候第一个网络因为只输出一个dose map,所以Lm仍旧不参与训练

您好,非常抱歉再次打扰您,我有一些训练细节方面的问题想请教您: 1、您在训练的时候,采用的是两个U-NET分开训练的方法还是合起来训练的方法 2、在数据处理方面,您在文章中提到将PTV和OAR区域合并到一个mask,我想确认一下您是将PTV合并到一个mask、OAR区域合并到另一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV、OAR三个通道),还是将PTV和OAR区域合并到同一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV与OAR合并图两个通道) 3、您在训练模型的时候,一共训练了多少个epoch?每个epoch中训练多少个数据? 4、您在训练第一个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 5、您在训练第二个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 非常感谢您!

  1. 我是分开训练的
  2. 不是的,ptv和oar各自合并成一个mask,每个mask里面不同ptv或者不同oar用不同的value代表。
  3. epoch数是1000,使用的数据是官方数据集的训练集
  4. 我使用的都是instancenorm,因为gpu资源限制问题无法使用大batch size就使用了instancenorm

您好,我还想请教几个问题:
1、关于第二点,我想问一下关于不同OAR的value,官方数据集中一共包括'Brainstem','SpinalCord','RightParotid',
'LeftParotid', 'Esophagus,'Larynx','Mandible'七个OAR,请问这七个OAR各自的value具体都设为多少?
2、两个U-NET网络是不是均采用了dropout层?
谢谢您!

from beamdoseprediction.

ukaukaaaa avatar ukaukaaaa commented on May 24, 2024

您好,非常荣幸能够拜读您的文章,我有一些问题不是很明白,希望您能够解答一下:
1、第一个Global Dose Network是否有损失函数(例如MAE损失)进行监督?
2、第二个Beam-wise Dose Network的U-NET网络中输入和输出分别是几通道的,具体包含了哪些部分?
3、Lm和总损失函数L的比例是多少?
非常感谢您!

您好,感谢关注。

  1. 第一个global network 是有mae loss做监督的。
  2. 第二个网络中输入通道由ct, ptv, oar, beam masks, coarse dose组成,输出就是dose map。
  3. 这个问题可以参考 Questions about hyper-parameters to balance the two DVH loss terms #1

您好,非常感谢您回答我的问题。关于第二个问题,我可能没有表达清楚,请允许我再请教一下。 您在network代码中提到Global Dose Network和Beam-wise Dose Network使用了相同的结构但是不同的输出通道,我想请教几个问题,希望您能够解答一下:
1、U-NET网络输出的是一个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm?还是输出的是九个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm? 2、损失函数Lm是否参与第一部分Global Dose Network的监督与优化
再次感谢您!

  1. 第二个unet输出的时候实际上是九个通道叫predicted beam voters,这时候loss分两部分,第一部分是9个predicted beam voters和ground truth beam voters 做mae loss也就是Lm,第二部分是将九个通道通过multi-beam voting重建为一个dose map 然后和ground truth dose map做loss包括了mae(Lr loss)和dvh loss。这里要注意第二个unet输出的时候一定要乘上beam mask再和ground truth beam voters做loss,因为网络预测的可能不准,并且我们只想计算beam path上的voxel difference
  2. 有两种做法,一种是两个unet分开训练,训练第一个的时候就没有Lm了,就用mae和dvh loss。第二种是合起来训练,这时候第一个网络因为只输出一个dose map,所以Lm仍旧不参与训练

您好,非常抱歉再次打扰您,我有一些训练细节方面的问题想请教您: 1、您在训练的时候,采用的是两个U-NET分开训练的方法还是合起来训练的方法 2、在数据处理方面,您在文章中提到将PTV和OAR区域合并到一个mask,我想确认一下您是将PTV合并到一个mask、OAR区域合并到另一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV、OAR三个通道),还是将PTV和OAR区域合并到同一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV与OAR合并图两个通道) 3、您在训练模型的时候,一共训练了多少个epoch?每个epoch中训练多少个数据? 4、您在训练第一个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 5、您在训练第二个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 非常感谢您!

  1. 我是分开训练的
  2. 不是的,ptv和oar各自合并成一个mask,每个mask里面不同ptv或者不同oar用不同的value代表。
  3. epoch数是1000,使用的数据是官方数据集的训练集
  4. 我使用的都是instancenorm,因为gpu资源限制问题无法使用大batch size就使用了instancenorm

您好,我还想请教几个问题: 1、关于第二点,我想问一下关于不同OAR的value,官方数据集中一共包括'Brainstem','SpinalCord','RightParotid', 'LeftParotid', 'Esophagus,'Larynx','Mandible'七个OAR,请问这七个OAR各自的value具体都设为多少? 2、两个U-NET网络是不是均采用了dropout层? 谢谢您!

  1. 只要不同就行,我是直接0,1,2,3....这样,注意要归一化
  2. 没用dropout

from beamdoseprediction.

jianglexin avatar jianglexin commented on May 24, 2024

您好,非常荣幸能够拜读您的文章,我有一些问题不是很明白,希望您能够解答一下:
1、第一个Global Dose Network是否有损失函数(例如MAE损失)进行监督?
2、第二个Beam-wise Dose Network的U-NET网络中输入和输出分别是几通道的,具体包含了哪些部分?
3、Lm和总损失函数L的比例是多少?
非常感谢您!

您好,感谢关注。

  1. 第一个global network 是有mae loss做监督的。
  2. 第二个网络中输入通道由ct, ptv, oar, beam masks, coarse dose组成,输出就是dose map。
  3. 这个问题可以参考 Questions about hyper-parameters to balance the two DVH loss terms #1

您好,非常感谢您回答我的问题。关于第二个问题,我可能没有表达清楚,请允许我再请教一下。 您在network代码中提到Global Dose Network和Beam-wise Dose Network使用了相同的结构但是不同的输出通道,我想请教几个问题,希望您能够解答一下:
1、U-NET网络输出的是一个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm?还是输出的是九个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm? 2、损失函数Lm是否参与第一部分Global Dose Network的监督与优化
再次感谢您!

  1. 第二个unet输出的时候实际上是九个通道叫predicted beam voters,这时候loss分两部分,第一部分是9个predicted beam voters和ground truth beam voters 做mae loss也就是Lm,第二部分是将九个通道通过multi-beam voting重建为一个dose map 然后和ground truth dose map做loss包括了mae(Lr loss)和dvh loss。这里要注意第二个unet输出的时候一定要乘上beam mask再和ground truth beam voters做loss,因为网络预测的可能不准,并且我们只想计算beam path上的voxel difference
  2. 有两种做法,一种是两个unet分开训练,训练第一个的时候就没有Lm了,就用mae和dvh loss。第二种是合起来训练,这时候第一个网络因为只输出一个dose map,所以Lm仍旧不参与训练

您好,非常抱歉再次打扰您,我有一些训练细节方面的问题想请教您: 1、您在训练的时候,采用的是两个U-NET分开训练的方法还是合起来训练的方法 2、在数据处理方面,您在文章中提到将PTV和OAR区域合并到一个mask,我想确认一下您是将PTV合并到一个mask、OAR区域合并到另一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV、OAR三个通道),还是将PTV和OAR区域合并到同一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV与OAR合并图两个通道) 3、您在训练模型的时候,一共训练了多少个epoch?每个epoch中训练多少个数据? 4、您在训练第一个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 5、您在训练第二个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 非常感谢您!

  1. 我是分开训练的
  2. 不是的,ptv和oar各自合并成一个mask,每个mask里面不同ptv或者不同oar用不同的value代表。
  3. epoch数是1000,使用的数据是官方数据集的训练集
  4. 我使用的都是instancenorm,因为gpu资源限制问题无法使用大batch size就使用了instancenorm

您好,我还想请教几个问题: 1、关于第二点,我想问一下关于不同OAR的value,官方数据集中一共包括'Brainstem','SpinalCord','RightParotid', 'LeftParotid', 'Esophagus,'Larynx','Mandible'七个OAR,请问这七个OAR各自的value具体都设为多少? 2、两个U-NET网络是不是均采用了dropout层? 谢谢您!

  1. 只要不同就行,我是直接0,1,2,3....这样,注意要归一化
  2. 没用dropout

您好,我目前正在复现您的这篇文章,因此我还想请教一些细节:
1、您第一部分网络训练完毕后训练的验证集的精度(dose score)大概能达到多少?
2、您对标签(dose)的预处理是什么?(我看C3D中对标签dose进行了除以70的预处理的操作,我想确认一下您是否也是这么做的)
3、文中提到beam masks图片是通过PTV生成的,这里的PTV指的是PTV70一张图片还是由PTV70、PTV63、PTV56合成的一张图片?
4、您在分开训练第二部分网络的时候,是否对数据使用了数据增强(随机翻转、随机旋转)?
5、您在分开训练第二部分网络的时候,第二部分网络由哪几部分损失函数(Lm和总损失函数L)参与优化?
谢谢您!

from beamdoseprediction.

ukaukaaaa avatar ukaukaaaa commented on May 24, 2024

您好,非常荣幸能够拜读您的文章,我有一些问题不是很明白,希望您能够解答一下:
1、第一个Global Dose Network是否有损失函数(例如MAE损失)进行监督?
2、第二个Beam-wise Dose Network的U-NET网络中输入和输出分别是几通道的,具体包含了哪些部分?
3、Lm和总损失函数L的比例是多少?
非常感谢您!

您好,感谢关注。

  1. 第一个global network 是有mae loss做监督的。
  2. 第二个网络中输入通道由ct, ptv, oar, beam masks, coarse dose组成,输出就是dose map。
  3. 这个问题可以参考 Questions about hyper-parameters to balance the two DVH loss terms #1

您好,非常感谢您回答我的问题。关于第二个问题,我可能没有表达清楚,请允许我再请教一下。 您在network代码中提到Global Dose Network和Beam-wise Dose Network使用了相同的结构但是不同的输出通道,我想请教几个问题,希望您能够解答一下:
1、U-NET网络输出的是一个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm?还是输出的是九个通道的dose map,然后和9个beam mask组成的beam masks相乘得到Predicted Beam Voters,进而和Ground-Truth Beam Voters来构建损失函数Lm? 2、损失函数Lm是否参与第一部分Global Dose Network的监督与优化
再次感谢您!

  1. 第二个unet输出的时候实际上是九个通道叫predicted beam voters,这时候loss分两部分,第一部分是9个predicted beam voters和ground truth beam voters 做mae loss也就是Lm,第二部分是将九个通道通过multi-beam voting重建为一个dose map 然后和ground truth dose map做loss包括了mae(Lr loss)和dvh loss。这里要注意第二个unet输出的时候一定要乘上beam mask再和ground truth beam voters做loss,因为网络预测的可能不准,并且我们只想计算beam path上的voxel difference
  2. 有两种做法,一种是两个unet分开训练,训练第一个的时候就没有Lm了,就用mae和dvh loss。第二种是合起来训练,这时候第一个网络因为只输出一个dose map,所以Lm仍旧不参与训练

您好,非常抱歉再次打扰您,我有一些训练细节方面的问题想请教您: 1、您在训练的时候,采用的是两个U-NET分开训练的方法还是合起来训练的方法 2、在数据处理方面,您在文章中提到将PTV和OAR区域合并到一个mask,我想确认一下您是将PTV合并到一个mask、OAR区域合并到另一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV、OAR三个通道),还是将PTV和OAR区域合并到同一个mask(这样第一个模型输入包含CT、PTV与OAR合并图两个通道) 3、您在训练模型的时候,一共训练了多少个epoch?每个epoch中训练多少个数据? 4、您在训练第一个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 5、您在训练第二个U-NET的时候,使用的归一化方法(BN、IN、GN)是哪一个?是否使用了dropout3d层? 非常感谢您!

  1. 我是分开训练的
  2. 不是的,ptv和oar各自合并成一个mask,每个mask里面不同ptv或者不同oar用不同的value代表。
  3. epoch数是1000,使用的数据是官方数据集的训练集
  4. 我使用的都是instancenorm,因为gpu资源限制问题无法使用大batch size就使用了instancenorm

您好,我还想请教几个问题: 1、关于第二点,我想问一下关于不同OAR的value,官方数据集中一共包括'Brainstem','SpinalCord','RightParotid', 'LeftParotid', 'Esophagus,'Larynx','Mandible'七个OAR,请问这七个OAR各自的value具体都设为多少? 2、两个U-NET网络是不是均采用了dropout层? 谢谢您!

  1. 只要不同就行,我是直接0,1,2,3....这样,注意要归一化
  2. 没用dropout

您好,我目前正在复现您的这篇文章,因此我还想请教一些细节: 1、您第一部分网络训练完毕后训练的验证集的精度(dose score)大概能达到多少? 2、您对标签(dose)的预处理是什么?(我看C3D中对标签dose进行了除以70的预处理的操作,我想确认一下您是否也是这么做的) 3、文中提到beam masks图片是通过PTV生成的,这里的PTV指的是PTV70一张图片还是由PTV70、PTV63、PTV56合成的一张图片? 4、您在分开训练第二部分网络的时候,是否对数据使用了数据增强(随机翻转、随机旋转)? 5、您在分开训练第二部分网络的时候,第二部分网络由哪几部分损失函数(Lm和总损失函数L)参与优化? 谢谢您!

  1. 大概比c3d差不到0.1左右
  2. 我采用的是除以80,实际实验应该差别是不大的
  3. 是合成的PTV
  4. 第二阶段的数据增强和第一阶段是一致的
  5. 损失函数就是Lm加L,文章当初这个地方没写清楚抱歉

from beamdoseprediction.

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