Este repositorio contiene los scripts para el ensamblaje de novo de mitogenomas a partir de elementos ultra conservados de la especie en ineteres y mitogenomas de una especie filogenéticamente emparentada para el mapeo, así como el script para obtener la filogenia de máxima verosimilitud en RAxML y los scripts de R usados para el ploteo del arbol filogenetico y red filogenetica. Adicionalmente contiene todos los outputs del ensamblaje y analisis filogenetico.

Carpeta bin (Scripts) #############################################################################################################################################################################################

Directorio 'bin' contiene los scripts y funciones en R usados para los analisis.

**1. El Script llamado "Script_RAxML.r" lee el arbol filogenetico obtenido del RAXML que se encuentra en el directorio '/data/input/RAxML_bipartitions.tre' y lo plotea en un ambiente bioinformatico R, para posteriormente poner los valores de soporte y exportar la figura en la carpeta "figure".

**2. El Script llamado "Script_Splits_Tree.r" lee la red filogenetica obtenida del programa Splits Tree que se encuentra en el directorio '/data/input/Mitogenomas_network.nex' y lo plotea en un ambiente bioinformatico R, para posteriormente exportar la figura en la carpeta "figure".

**3. El Script denominado 'Script_MITObim.sh' corre el programa MITObim 1.9 sobre cada uno de los archivos fastq y el archivo fasta para la reconstruccion de novo del mitogenoma de la especie de interes.

**4. El Script denominado 'Script_phylogenetic.sh' corre el programa programa RAxML sobre el archivo Mitogenomas.phy que se encuentra en el siguiente directorio /data/input/Mitogenomas.phy'.

Data (input, output, raw, filtered) #############################################################################################################################################################################################

El directorio "data" contiene las carpetas de entrada y salida de los programas utilizados para los alineamientos, analisis filogeneticos y redes filogeneticas Dentro del directorio "data" se encuentra la carpeta "raw_genetic_data" que contiene las versiones downstream de los fastq (tres en total) para cumplir con el requisito de tener archivos de que pese poco (aproximadamente 1.5 MB) y que fueron obtenidos mediante las primeras 10,000 lineas de los archivos originales disponibles en GenBank. Ademas se encuentra el archivo fasta de Arremon_aurantiirostris que sirvio como input para el ensamblado de novo en MITObim.

Dentro de esta carpeta se encuentra todos los outputs (resultados) de los programa CSA, MAFFT, MITOS, RAxML y Splits Tree, cada uno separada por su respectiva carpeta.

Esta carpeta contiene el fasta de los mitogenomas descargados con los mitogenomas ensamblados.

Dentro del directorio "data" se encuentra tambien la carpeta "raw_genetic_data" que contiene las versiones downstream de los fastq (tres en total) para cumplir con el requisito de tener archivos de que pesen poco (aproximadamente 1.5 MB) y que fueron obtenidos mediante las primeras 10,000 lineas de los archivos originales disponibles en GenBank. Ademas se encuentra el archivo fasta de Arremon_aurantiirostris que sirvio como input para el ensamblado de novo en MITObim.

Figures ############################################################################################################################################################################################# En esta carpeta se encuentran todas las figuras de los resultados en R, es decir el arbol de maxima verosimilitud y la red filogenetica.

Meta ############################################################################################################################################################################################# El archivo csv contiene las pares de bases que fueron recuperadas en el ensamblaje de novo para las tres especies de interes y que fueron anotadas por el programa CSA.