This repository contains the code for GBS analyses of Abies from the TMVB sequenced at Jaramillo & Mastretta's labs.
oyamelesgbs's Introduction
oyamelesgbs's People
oyamelesgbs's Issues
Terminar Introducción artículo
Redactar en inglés
Análisis SNP error rate para elegir parámetros óptimos
Correr ensamblado filogenia con Abies spp.
Se hará con las muestras de Jorge ya que ensamblar con todo Abies regliosa y flinckii puede sesgar los datos a esas especies y perder info para la filotecnia
Correr ensamblado con pruebas parámetros para optimizar
Va a depender de que esté listo ipyRAD en CONABIO, sino en JB.
Terminar introducción TESIS
Ordenar información y terminar V3
Correr Sleuth
Instalar correctamente en R
Y correr mapeo prueba de Kallisto
Optimización de parámetros para los ensamblados
Evaluar distintos valores para los parámetros 14 11-12 y 20 con las muestras originales y replicadas.
Propongo separar las muestras (Filogenias) después del paso 6 (clustering entre muestras, con un parámetro 14 relativamente laxo, posiblemente un 0.75) y utilizar valores de parámetros estrictos para el control de parálogos.
Demultiplexear muestras
Terminar material y métodos artículo.
Redactar en inglés
Análisis Genoma
Aplicar desequilibrio de ligamiento
Correr el ensamblado general A religiosa-flinckii
Submuestrear placa secuenciada con HiSeq 4000
La última placa se secuencia con 4000, y las anteriores con 2500, por lo tanto para no tener problemas de diferencia en profundidad, se hará un submuestreo al azar de la placa de 4000 para tener el mismo número de reas que en las placas anteriores.
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