babinyurii / lab_genetic_reporter Goto Github PK

Добавить в список Lab ID patient и поиск по нему в поисковой строке

Кажется так логичнее, когда работаешь с программой от добавления маркеров и создания теста до добавления пациента и вывода результатов

Нельзя дробную концентрацию ДНК забить
Сейчас можно забить Lab ID и на латинице, и на английском, сохраняя ошибку не выдает, чтобы в будущем не было ошибок, сделать так, чтобы только по англ можно было забить

При создания правила, относящееся к конкретному тесту, сделать так, чтобы программа говорила, что существует уже для данного теста правило с порядковым номером, например, 1, 2 и что нельзя сохранить это правило под таким порядковым номером, и нужно выбрать другой номер

Выдает все рекомендации сплошным текстом
Подумать как каждое заключение выдавал с нового абзаца

Делать так, чтобы, если по ошибке указывается дата доставки образца раньше даты забора, выдавалась ошибка
Сейчас сохраняется и так

Расширить количество order in conclusion, но сперва разобраться к чему программа относит созданные правила

То есть щас нельзя удалить маркер в ките, если вдруг позже что-то поменялось?
Потому что поменять маркер в ките программа не дает говорит, что уже существует вывод по этому маркеру

а кнопки: 1 не работают
2 и 3 удаляют просто сам кит

Механические свойства
Увлажнение
Фотозащита
Воспаление
Пищевые непереносимости
Гормоны

В строке результат можно забить только 2 символа и из-за этого не сохраняет результат и пишет ошибку

Программа не дает сохранить изменение в созданном detection kit
То есть создаешь тест, например, не знаешь в каком порядке у тебя должны быть выводs по SNP, или ошибся в категории тоже выдает ошибку, пишет, что выводы по данному маркеру уже есть

У окна ввода Report кажется есть ограничение по количеству вводимых символов, больше он написать не дает

just refactor long methods

• save in ResultSNP model

Добавить поисковую строку и фильтр по тесту
Отобразить в списке образца тест/тесты, которые указываются при добавления информации об образце

Есть тест Epilation, в котором по большей части генов вывод идет по результату гена, но есть вывод по сочетанию результатов генов IL13 и IL4. Я создала правило для них, внесла все выводы для них, в conclusion for each SNP genotype тоже внесла вывод. Когда начала вносить результаты по Sample, то в случае IL13 все было нормально, а в случае IL4 ошибку

• поиск по rs в dbSNP

в процессе удаления:
удаляешь вывод по Sample, потом сам Sample, все хорошо ошибки не выдает и ничего после себя не оставляет
Потом решил удалить Detection kit, то остаются выводы по снипам, которые были забиты для этого теста, только они ни к какому киту не приписаны
Но удаляются они тоже нормально
Может надо сделать чтобы при удалении кита подтягивались под удаление и выводы по снипам?

Обновление conclusion for report происходит, только после удаления и заново ввода данных маркеров
Создаешь sample, вбил результат маркеров, смотришь вывод, а там ошибка, идешь исправлять в Report rules: conclusion for genotype combinations, сохраняешь, смотришь вывод опять, а он не исправился/ не обновился.
Приходится удалять conclusion for patient, заново вбивать значение маркеров и только после этого вывод обновляется

Разобраться с report rule
Создаешь другое правило для другого теста с маркерами, на которые уже правило, выходит ошибка с порядком правила
Кажется он считывает порядок правила не на тест, а количество созданных правил вообще

search by

• snp category

• разделители между разделами: гаплотипы и отдельные снипы
• разделители между гаплотипами и отдельными снипами внутри больших разделов

Добавить подпись, что результат забивается по порядку аллели, то есть, если в маркере 1 аллель - Т, 2 аллель - C, забивать результат TC, если СТ, то выходит ошибка

http://127.0.0.1:8000/admin/patients/reportcombinations/

Сложная цепочка удаление образца
Можно создать образец, не указывая тест, и удалить его спокойно
Стандартно создаешь Sample, указываешь все нужные поля и главное тест, позже хочешь удалить образец, программа тебе не дает этого сделать, пока не будут удалены все элементы связанные с Sample

То есть только после удаления SNP results Sample, conclusion for report если забила результат и он есть, удаления теста в самом Sample, ты только после этого можешь удалить Sample

• убрать кнопку в разделе 2. conclusions for each SNP genotype
• на отдельной странице заключения по одному генотипу сделать поля det_kit_marker и genotype только для чтения (см пример в conclusions)

Добавить в редактор маркера клин. значение определенной аллели norm/mut

Нам ведь важен возраст пациента для дальнейших рекомендаций в отчете?
Сейчас можно сохранить образец и с возрастом 0, может как для улучшения сделать ограничения, что возраст больше 0 можно только ввести

• create logic and view which will make plots of different statistics

Отсутствуют фильтры в Report rule two snps
Добавить фильтр правил по тестам - detection kits

Был создан маркер с неправильными аллелями, с ним создали правило.
В этом маркере изменили аллели, сохранили изменения, но в программе остались старые значения аллелей и добавились новые и в правиле, где есть этот маркер есть варианты комбинации и со старыми значениями аллелей и с новыми, вместо 9, 18 комбинаций
Если удаляешь правило и создаешь его заново, то указаны в маркерах нужные аллели и 9 комбинаций, как надо

Может сделать обязательным полем добавление теста для sample, а то сейчас можно сохранить пациента и без теста

• check if it's better to put clean method into a form

объекты заключения по каждому снипу сохраняются после создания промежуточной записи DetectionKitMarkers
поэтому, чтобы перезаписать объект полностью, нужно удалить и после заново привязать маркер
возможное решение: при сохранении объекта DetectionKit проверять связанные маркеры и проверять, есть ли по ним объекты заключений. Если нет таких, тогда создавать.

нужно придумать проверку

C:\Users\yuriy\django_prjs_for_our_lab\lab_genetic_reporter\detection_kits\models.py
class DetectionKitMarkers(models.Model):

Мне ОЧЕНЬ нравиться, как выглядит вывод, очень удобно при копировании, но может быть как-то сделать разделение выводов, когда в категории по несколько SNP, может пропуск строки между ними?

• добавить какую-нибудь заглушку в заключение, чтоб по ней можно было понять, что заключение в базе не найдено

Строка поиска не работает ни при вводе Last name patient, ни при conclusion for: Соколова Елена, test: Gen Beauty, ни при названия теста

На такой формат записи выдает ошибку

Подписать как оформляется дата или приписать, что использовать календарь при указывания дат

переходя по ссылке в профиле маркера, ссылка открывается в текущей вкладке, лучше, чтобы открывалась в новой
Пока можно добавить предупреждение об этом

При изменении созданного правила, например название, пишет ошибку

При изменении, например порядка в заключении, сохраняет это как изменение текущего правила, а не создает новое

Для генов MMP1 и MMP3 нет значений аллелей
ММР3 5А/6А, для ММР1 _/С

• upload button in admin?