ctom2 / lucyd-deconvolution

A Feature-Driven Richardson-Lucy Deconvolution Network

Hi there! 🚀

lucyd-deconvolution's Issues

No proper requirements file?

Hi. I'm interested in trying out the method but I cannot use your code since the requirements are not properly specified. Installing only pytorch and python does not suffice for the code to run. Could you perhaps update the repo in a way that others could try/cite your work?

Local Execution Fails Upon Loading Weights

Hi Tomas,

I've successfully ran the code on your Colab file, however, when I try to do it locally, I face errors while loading the weights using the following:

from model.lucyd import LUCYD, device
import os
import torch

model = LUCYD().to(device)
weigth_selection = "act"
weight_map = {"mixture": "lucyd-mixture.pth", "act": "lucyd-act.pth", "nuc": "lucyd-nuc.pth"}
WEIGHTS = os.path.join("model", "weights", weight_map[weigth_selection])
model.load_state_dict(torch.load(WEIGHTS))

and end up with this error:

File "/home/username/Desktop/lucyd/test.py", line 11, in <module>
    model.load_state_dict(torch.load(WEIGHTS))
  File "/home/username/anaconda3/envs/lucyd/lib/python3.10/site-packages/torch/nn/modules/module.py", line 1604, in load_state_dict
    raise RuntimeError('Error(s) in loading state_dict for {}:\n\t{}'.format(
RuntimeError: Error(s) in loading state_dict for LUCYD:
    Missing key(s) in state_dict: "Encoder.0.layers.1.main.0.main.0.weight", "Encoder.0.layers.1.main.0.main.1.weight", "Encoder.0.layers.1.main.0.main.1.bias", "Encoder.0.layers.1.main.0.main.1.running_mean", "Encoder.0.layers.1.main.0.main.1.running_var", "Encoder.0.layers.1.main.1.main.0.weight", "Encoder.0.layers.1.main.1.main.1.weight", "Encoder.0.layers.1.main.1.main.1.bias", "Encoder.0.layers.1.main.1.main.1.running_mean", "Encoder.0.layers.1.main.1.main.1.running_var", "Encoder.0.layers.2.main.0.main.0.weight", "Encoder.0.layers.2.main.0.main.1.weight", "Encoder.0.layers.2.main.0.main.1.bias", "Encoder.0.layers.2.main.0.main.1.running_mean", "Encoder.0.layers.2.main.0.main.1.running_var", "Encoder.0.layers.2.main.1.main.0.weight", "Encoder.0.layers.2.main.1.main.1.weight", "Encoder.0.layers.2.main.1.main.1.bias", "Encoder.0.layers.2.main.1.main.1.running_mean", "Encoder.0.layers.2.main.1.main.1.running_var", "Encoder.0.layers.3.main.0.main.0.weight", "Encoder.0.layers.3.main.0.main.1.weight", "Encoder.0.layers.3.main.0.main.1.bias", "Encoder.0.layers.3.main.0.main.1.running_mean", "Encoder.0.layers.3.main.0.main.1.running_var", "Encoder.0.layers.3.main.1.main.0.weight", "Encoder.0.layers.3.main.1.main.1.weight", "Encoder.0.layers.3.main.1.main.1.bias", "Encoder.0.layers.3.main.1.main.1.running_mean", "Encoder.0.layers.3.main.1.main.1.running_var", "Encoder.1.layers.1.main.0.main.0.weight", "Encoder.1.layers.1.main.0.main.1.weight", "Encoder.1.layers.1.main.0.main.1.bias", "Encoder.1.layers.1.main.0.main.1.running_mean", "Encoder.1.layers.1.main.0.main.1.running_var", "Encoder.1.layers.1.main.1.main.0.weight", "Encoder.1.layers.1.main.1.main.1.weight", "Encoder.1.layers.1.main.1.main.1.bias", "Encoder.1.layers.1.main.1.main.1.running_mean", "Encoder.1.layers.1.main.1.main.1.running_var", "Encoder.1.layers.2.main.0.main.0.weight", "Encoder.1.layers.2.main.0.main.1.weight", "Encoder.1.layers.2.main.0.main.1.bias", "Encoder.1.layers.2.main.0.main.1.running_mean", "Encoder.1.layers.2.main.0.main.1.running_var", "Encoder.1.layers.2.main.1.main.0.weight", "Encoder.1.layers.2.main.1.main.1.weight", "Encoder.1.layers.2.main.1.main.1.bias", "Encoder.1.layers.2.main.1.main.1.running_mean", "Encoder.1.layers.2.main.1.main.1.running_var", "Encoder.1.layers.3.main.0.main.0.weight", "Encoder.1.layers.3.main.0.main.1.weight", "Encoder.1.layers.3.main.0.main.1.bias", "Encoder.1.layers.3.main.0.main.1.running_mean", "Encoder.1.layers.3.main.0.main.1.running_var", "Encoder.1.layers.3.main.1.main.0.weight", "Encoder.1.layers.3.main.1.main.1.weight", "Encoder.1.layers.3.main.1.main.1.bias", "Encoder.1.layers.3.main.1.main.1.running_mean", "Encoder.1.layers.3.main.1.main.1.running_var", "Encoder.2.layers.1.main.0.main.0.weight", "Encoder.2.layers.1.main.0.main.1.weight", "Encoder.2.layers.1.main.0.main.1.bias", "Encoder.2.layers.1.main.0.main.1.running_mean", "Encoder.2.layers.1.main.0.main.1.running_var", "Encoder.2.layers.1.main.1.main.0.weight", "Encoder.2.layers.1.main.1.main.1.weight", "Encoder.2.layers.1.main.1.main.1.bias", "Encoder.2.layers.1.main.1.main.1.running_mean", "Encoder.2.layers.1.main.1.main.1.running_var", "Encoder.2.layers.2.main.0.main.0.weight", "Encoder.2.layers.2.main.0.main.1.weight", "Encoder.2.layers.2.main.0.main.1.bias", "Encoder.2.layers.2.main.0.main.1.running_mean", "Encoder.2.layers.2.main.0.main.1.running_var", "Encoder.2.layers.2.main.1.main.0.weight", "Encoder.2.layers.2.main.1.main.1.weight", "Encoder.2.layers.2.main.1.main.1.bias", "Encoder.2.layers.2.main.1.main.1.running_mean", "Encoder.2.layers.2.main.1.main.1.running_var", "Encoder.2.layers.3.main.0.main.0.weight", "Encoder.2.layers.3.main.0.main.1.weight", "Encoder.2.layers.3.main.0.main.1.bias", "Encoder.2.layers.3.main.0.main.1.running_mean", "Encoder.2.layers.3.main.0.main.1.running_var", "Encoder.2.layers.3.main.1.main.0.weight", "Encoder.2.layers.3.main.1.main.1.weight", "Encoder.2.layers.3.main.1.main.1.bias", "Encoder.2.layers.3.main.1.main.1.running_mean", "Encoder.2.layers.3.main.1.main.1.running_var", "Decoder.0.layers.1.main.0.main.0.weight", "Decoder.0.layers.1.main.0.main.1.weight", "Decoder.0.layers.1.main.0.main.1.bias", "Decoder.0.layers.1.main.0.main.1.running_mean", "Decoder.0.layers.1.main.0.main.1.running_var", "Decoder.0.layers.1.main.1.main.0.weight", "Decoder.0.layers.1.main.1.main.1.weight", "Decoder.0.layers.1.main.1.main.1.bias", "Decoder.0.layers.1.main.1.main.1.running_mean", "Decoder.0.layers.1.main.1.main.1.running_var", "Decoder.0.layers.2.main.0.main.0.weight", "Decoder.0.layers.2.main.0.main.1.weight", "Decoder.0.layers.2.main.0.main.1.bias", "Decoder.0.layers.2.main.0.main.1.running_mean", "Decoder.0.layers.2.main.0.main.1.running_var", "Decoder.0.layers.2.main.1.main.0.weight", "Decoder.0.layers.2.main.1.main.1.weight", "Decoder.0.layers.2.main.1.main.1.bias", "Decoder.0.layers.2.main.1.main.1.running_mean", "Decoder.0.layers.2.main.1.main.1.running_var", "Decoder.0.layers.3.main.0.main.0.weight", "Decoder.0.layers.3.main.0.main.1.weight", "Decoder.0.layers.3.main.0.main.1.bias", "Decoder.0.layers.3.main.0.main.1.running_mean", "Decoder.0.layers.3.main.0.main.1.running_var", "Decoder.0.layers.3.main.1.main.0.weight", "Decoder.0.layers.3.main.1.main.1.weight", "Decoder.0.layers.3.main.1.main.1.bias", "Decoder.0.layers.3.main.1.main.1.running_mean", "Decoder.0.layers.3.main.1.main.1.running_var", "Decoder.1.layers.1.main.0.main.0.weight", "Decoder.1.layers.1.main.0.main.1.weight", "Decoder.1.layers.1.main.0.main.1.bias", "Decoder.1.layers.1.main.0.main.1.running_mean", "Decoder.1.layers.1.main.0.main.1.running_var", "Decoder.1.layers.1.main.1.main.0.weight", "Decoder.1.layers.1.main.1.main.1.weight", "Decoder.1.layers.1.main.1.main.1.bias", "Decoder.1.layers.1.main.1.main.1.running_mean", "Decoder.1.layers.1.main.1.main.1.running_var", "Decoder.1.layers.2.main.0.main.0.weight", "Decoder.1.layers.2.main.0.main.1.weight", "Decoder.1.layers.2.main.0.main.1.bias", "Decoder.1.layers.2.main.0.main.1.running_mean", "Decoder.1.layers.2.main.0.main.1.running_var", "Decoder.1.layers.2.main.1.main.0.weight", "Decoder.1.layers.2.main.1.main.1.weight", "Decoder.1.layers.2.main.1.main.1.bias", "Decoder.1.layers.2.main.1.main.1.running_mean", "Decoder.1.layers.2.main.1.main.1.running_var", "Decoder.1.layers.3.main.0.main.0.weight", "Decoder.1.layers.3.main.0.main.1.weight", "Decoder.1.layers.3.main.0.main.1.bias", "Decoder.1.layers.3.main.0.main.1.running_mean", "Decoder.1.layers.3.main.0.main.1.running_var", "Decoder.1.layers.3.main.1.main.0.weight", "Decoder.1.layers.3.main.1.main.1.weight", "Decoder.1.layers.3.main.1.main.1.bias", "Decoder.1.layers.3.main.1.main.1.running_mean", "Decoder.1.layers.3.main.1.main.1.running_var", "Decoder.2.layers.1.main.0.main.0.weight", "Decoder.2.layers.1.main.0.main.1.weight", "Decoder.2.layers.1.main.0.main.1.bias", "Decoder.2.layers.1.main.0.main.1.running_mean", "Decoder.2.layers.1.main.0.main.1.running_var", "Decoder.2.layers.1.main.1.main.0.weight", "Decoder.2.layers.1.main.1.main.1.weight", "Decoder.2.layers.1.main.1.main.1.bias", "Decoder.2.layers.1.main.1.main.1.running_mean", "Decoder.2.layers.1.main.1.main.1.running_var", "Decoder.2.layers.2.main.0.main.0.weight", "Decoder.2.layers.2.main.0.main.1.weight", "Decoder.2.layers.2.main.0.main.1.bias", "Decoder.2.layers.2.main.0.main.1.running_mean", "Decoder.2.layers.2.main.0.main.1.running_var", "Decoder.2.layers.2.main.1.main.0.weight", "Decoder.2.layers.2.main.1.main.1.weight", "Decoder.2.layers.2.main.1.main.1.bias", "Decoder.2.layers.2.main.1.main.1.running_mean", "Decoder.2.layers.2.main.1.main.1.running_var", "Decoder.2.layers.3.main.0.main.0.weight", "Decoder.2.layers.3.main.0.main.1.weight", "Decoder.2.layers.3.main.0.main.1.bias", "Decoder.2.layers.3.main.0.main.1.running_mean", "Decoder.2.layers.3.main.0.main.1.running_var", "Decoder.2.layers.3.main.1.main.0.weight", "Decoder.2.layers.3.main.1.main.1.weight", "Decoder.2.layers.3.main.1.main.1.bias", "Decoder.2.layers.3.main.1.main.1.running_mean", "Decoder.2.layers.3.main.1.main.1.running_var".

Note that I tried all different keys there, but no luck. I believe there could be some issue with the weights.

Here is my pip freeze output:

python==3.10.4
lightning-utilities==0.9.0
numpy==1.22.4
packaging==23.1
tifffile==2023.7.10
torch==1.12.1
torchmetrics==1.0.1
typing_extensions==4.7.1

I have CUDA 11.7.1 and I am on an Ubuntu OS.