datascienceresearchperu / covid-19_latinoamerica

A daily report of cases confirmed covid-19 per country in Latin America by DSRP and volunteers, that we appreciate. Don't forget to tap Star.

Latin America Covid-19 Data Repository by DSRP

Repository with daily updates related to Covid-19 of Latin America (South America)
Explore the docs »

View Map · Download data · Extra data
Report Bug · Request Feature · Data Error

API · API Repository

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Table of Contents

• Table of Contents
• About The Project
  • Tabla 1. Data resources for each country
• Contributing
• Usage
• Extra
• Q&A
• Contributors ✨
• License

About The Project

MAP Desktop version

MAP Mobile version

This repository is a part of various projects

WARNING: Some countries are not reporting their death and recovery figures to the resolution we have in the repository.

Tabla 1. Data resources for each country

#	Country	User	Data Sources
1	ARGENTINA	✅ martingra pablorea Automated - PabloDz	D1 D2 S1
2	BOLIVIA	✅ mamanipatricia Automated - PabloDz	D1 S1
3	BRAZIL	✅ Automated - dfuribez Automated - PabloDz	S1 D1
4	CHILE	✅ Automated - ivanMSC	D1 D2 D3
5	COLOMBIA	✅ Automated - AnnaAbsi Automated - PabloDz	S1 D1 D2
6	COSTA RICA	✅ Automated - AnnaAbsi Automated - PabloDz	D1 S1
7	CUBA	✅ yudivian Automated - PabloDz	API S1
8	DOMINICAN REPUBLIC	✅ PabloDz	D1 D2
9	ECUADOR	✅ pablora19 Automated - PabloDz	D1 D2 S1
10	EL SALVADOR	✅ Automated - PabloDz	D1 D2
11	FRENCH GUIANA	✅ Automated - PabloDz	D1
12	GUADELOUPE	✅ Automated - PabloDz	D1
13	GUATEMALA	✅ ncovgt2020
14	HAITI	WITHOUT MAINTENANCE
15	HONDURAS	✅ Automated - ivanMSC	D1
16	MARTINIQUE	✅ Automated - PabloDz	D1
17	MEXICO	✅ Automated - carranco-sga	D1
18	NICARAGUA	✅ Automated - AnnaAbsi Automated - PabloDz	D1
19	PANAMA	✅ josetup123	D1
20	PARAGUAY	WITHOUT MAINTENANCE
21	PERU	✅ Automated - PabloDz diegocl02	D1 D2 D3 D4
22	PUERTO RICO	WITHOUT MAINTENANCE
23	SAIN PIERRE AND MIQUELON	✅ Automated - PabloDz
24	SAINT BARTHELEMY	✅ Automated - PabloDz
25	SAINT MARTIN	✅ Automated - PabloDz
26	URUGUAY	✅ Automated - AnnaAbsi Automated - PabloDz
27	VENEZUELA	✅ rendergraf	D1 D2

*Automated by scripts in this folder

Table 2 moved to First cases per country / Last Update per country

See in Google Sheets

Contributing

Contributions are what make the open source community such an amazing place to be learn, inspire, and create. Any contributions you make are greatly appreciated.

This project exists thanks to all the people who contribute. [Contribute]

Usage

How to load data in Colab with python 3: Google Colab - Code

Other scripts here

Extra

Extra data with orther important variables

Q&A

• How to use data?

Due to the amount of missing data, we recommend that only the Confirmed and Deaths columns be used. In the daily_report folder are the files for each day, there is a column called Last Update, we recommend removing it because it is for an internal purpose and is not relevant for any other purpose.

• Is there a easy way to load all of your data to dataframes?

Yes, we actually recommend this notebook

• How can I know which countries are updated each day?

By now, Perú, Chile, Honduras and Brazil are automated. Others, not yet.

Contributors ✨

Thanks goes to these wonderful people (emoji key):

PabloDz 🎨 📆	Gabriel Alfonso Carranco-Sapiéns 📖	Rafnix Guzman 📖	RcrdPhysics 📖	Pablo Reyes A 📖	Martin 📖	patty 📖
Leytzher 📖	josetup123 📖	ivang 📖	Diego Cisneros 📖	Diego Fernando Uribe 📖	Gabriel Alfonso Carranco-Sapiéns 📖	ariasbordahugo 📖
adtor97 📖	Pablo Leandro Rea 📖	Xavier Araque 📖	Corona Virus Guatemala 📖	Jean Pineda 📖	Ivan Gonzalez 📖	Anna Absi 📖 🎨

This project follows the all-contributors specification. Contributions of any kind welcome!

License

For General Public:

Latin America Covid-19 Data Repository by Data Science Research Peru is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

For NP-ORGS:

Latin America Covid-19 Data Repository by Data Science Research Peru is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0).

covid-19_latinoamerica's Issues

Venezuela: Federal Dependencies

Las Dependencias Federales de Venezuela geográficamente se ubican como se muestra en la imagen

Pero el ISO 3166-2:VE los considera las 11 islas como 1 departamentos/estado/región, Cómo los contamos ? Ya que si lo separamos en cada dependencia el ISO no lo ha normado.

Github page for covid 19 & extra data

In process...

Scripts to automate

We need scripts to automate (Scripts go to this folder):

• Reports of absense of data (blank spaces in 2020-0X-XX.csv - Daily report folder).
• API information obtain and update to our repository (Reply to #50 )
• Automation ( #53 #55 #56 #57 )
• Dashboards (ivanMSC is actually doing a good work here)
• Confirm our numbers with other repositories that has the numbers grouped per country.
• Others (Feel free to propose)

Please create new Issue of each script to automate to be well documented.
Thanks all contributors! Please call more volunteers :)

Regiones de Chile duplicadas

Las regiones de Los Rios y Los Lagos están duplicadas en los reportes diarios.

[Automatization] Peru

#52

No time_series files

We're currently creating the script to generate that kind of files.

Agregar columna pruebas realizadas

Agregaremos Test realizados como columnas.

¿Deberíamos separar entre moleculares y rápidas?

VOLUNTER

Are you a newer contribuitor?
Yes/No question just to know how to answer.

How can you help us with tasks?
Explain what do you want to contribute. We really appreciate your initiative.

Data for México is wrong after 2020-04-16

All data for México seems wrong in files 2020-04-16.csv, 2020-04-17.csv and 2020-04-18.csv
A typical row reads

MX-AGU,Mexico,Aguascalientes,,0,0,0

The date is missing and there are zeroes for all entries. Yesterday some data was 'missing' but not '0'.

Hola, me gustaría contribuir con información sobre algún país faltante.

Hola, quisiera saber si aun se puede contribuir con la recopilación de información sobre países faltantes?

Saludos.

.

.

Slack Channel

Hola, he creado el canal de Slack covid19latinoamerica.slack.com para los colaboradores del grupo.
Aqui les dejo el link para que puedan subscribirse.
https://join.slack.com/t/covid19latinoamerica/shared_invite/zt-d99sp09d-mcwZ3AmFI_kmj~kYryg74w

Formato de Issues

Se agregó formatos para los formatos de creación de Issues:
.github/ISSUE_TEMPLATE

Se pueden agregar más como los siguientes:
bug_report.md
feature_request.md

Se requiere dar un formato adecuado y preveer la llegada de más usuarios. Para poder dar un correcto soporte al repositorio.

Lista de centros de salud no encontrada

En la búsqueda de la lista de centros de salud, que en algunos países es de acceso público, se han encontrado nula información en algunos países (detallado en el enlace anterior) y se optaría por encontrar dicha información mediante otros métodos.

[Automation] Honduras

Parte de #52
http://www.bvs.hn/COVID-19/

En ese sitio hay un dashdoard con el historial de casos confirmados por departamento.
También, hasta el fallecimiento número 15, se encuentra detallado con fecha y ciudad. Desde el fallecimiento 16 solo se detalla el departamento y no la fecha, aunque no debería ser difícil ponerse al día con alguna otra fuente.

Luego de estar al día con la data, correspondería scrappear la primera tabla de la pagina diariamente.

Agregar subdivisión administrativa nula para Chile

Is your feature request related to a problem? Please describe.
El Ministerio de Salud de Chile es tan inoperante, que solo entrega cifras de los casos recuperados a nivel nacional y no desagregado por Región (subdivisión administrativa). Tengo los datos día a día del número de recuperados, pero no tengo donde escribirlos en los reportes diarios.

Describe the solution you'd like
Agregar una subdivisión administrativa NULL para Chile. O algo como CL-NULL, Sin informacion

Describe alternatives you've considered
Alternativamente pensé en agregarlos con la Región de Santiago (Capital). Pero esto sería deshonesto.

Additional context
Gobierno de mierda.

Data de Brasil parece estar equivocada

Describe the data error
Por ejemplo, BR-ES esta en cero. No debería ser así.

Where's the error?

Describe the solution you'd like
Revisar los datos de Brasil, porque hubo varios commits que arrasaron con todo.

Additional context

Using zeros for missing data.

Describe the bug
Is there any agreed consensus in the way missing data should be handled?

Commit a1a60bd by @dfuribez has changed some of the missing data I maintain to zeros; however, since March 23, Mexico's data reports don't include specifics on the number of recovered people, hence why I report it as missing.

Expected behavior
Missing data should be dealt with consistently for any one country and the database as a whole so it is more useful.
The changes made in the commit are just a fraction of the required ones to have consistency in Mexico's data.
I will gladly make the changes to the data under my responsibility, to maintain reporting style if there is a consensus in the way missing data should be handled.

However, I think zero has a very precise definition: nothing. Treating data that is not available (missing, but not necessarily equal to zero) as zero, confuses me.
And well, putting personal biases aside, it's much easier to "complete" the data replacing missing with zeros than vice-versa. A simple line of regex magic does the trick in these cases.

Files with the bug
Refer to a1a60bd.

Pinging contributors: @ZurMaD @rafnixg @RcrdPhysics @pablora19 @martingra @mamanipatricia @leytzher @josetup123 @ivanMSC @diegocl02 @dfuribez @ariasbordahugo @pablorea @rendergraf @Caospierre

Cambiar nombre de repositorio

Al principio fue covid-19_pe debido a que se pensaba a hacer solo para Perú pero ahora que abarca a toda latinoamérica, ¿qué nombre debería tener? @ivanMSC @rendergraf

Time series showing floats instead integers

0.0 instead of 0 for any number in python script

Error de formato en Santo Domingo,Dominican Republic

Hay un salto de línea:

"DO-01
",Santo Domingo,Dominican Republic,,,,,

[Automation] Brazil & Costa Rica

Parte de #52
Encontré este repositorio de Brazil que lo actualizan diario.

¿Hay alguna forma de automatizar esto?

API

Estandarizar las peticiones al API no con nombre del país, por ejemplo Perú sino usar su código ISO PE.

• Crear endpoint con data de latitud longitud de cada subdivisión.

[Automation] México

Estimado @carranco-sga , estamos automatizando todo el proceso de extraer data, al subir la información lo estás haciendo de forma manual o ya que tu país liberó los datos los podríamos extraer directamente con scripts. Quisiera saber cómo es el flujo de datos.

Gracias.

I want to contribute :)

Are you a newer contribuitor?
No

How can you help us with tasks?
Anything related to scripting, parsing, backend (API), automating or visualizing. I have a decent knowledge of Python for this things and open to contribute in anything else you need.

My initial idea is to create an awesome dashboard with Dash.

PS: Awesome work you have done guys, really.

Maps Covid-19 Latin America

Is your feature request related to a problem? Please describe.
We need a map.

Reestructuración de la repo para automatización.

Como comentaba en el Slack:

• sería de mucha ayuda que los scripts de cada pais pertenezcan a la repo corrspondiente
• tener una carpeta llamada templates para poner todos los templates de csv's que se tienen en latam_covid_19_data
• en latam_covid_19_data unicamente tener los daily reports y per country reports
• el archivo timeseries propongo que se ponga en la raiz de la repo para accesibilidad y prioridad. Ahi estará toda la información condensada.
• mover información no correspondiente a casos del covid a una nueva repo y añadir un link a ella para alguna investigación que se quiera (como lo propuso #11 )

Completar utils/iso3312_latinamerica.csv

Por favor, a los encargados de cada país, no olvidar este archivo.

Gracias.

[Automation] Colombia

#52

guberney/Covid_Colombia#1

Crear archivo de georreferencia

Sugiero eliminar las columnas Latitude y Longitude. En su lugar, crear un archivo nuevo, por ejemplo Georeferencing.csv con los campos: Province/State, Country/Region, Latitude, Longitude, etc con información relativa a cada subdivisión administrativa.
De esta forma evitamos repetir información innecesariamente, resultando en una base de datos más robusta.

Separar información no relacionada a casos COVID-19

Describe the bug
Creo que en ánimos de mantener mejor la información del repositorio, conviene separar los datos que se plantean agregar (variables económicas e infraestructura hospitalaria) y moverlos a un repositorio adicional, dejando este exclusivamente para datos sobre los casos de COVID-19 y agregando un enlace para quienes deseen consultar la información adicional.

Not all countries of Latin America considered in our repository

We need to add 3 countries and 7 dependencies.

Countries:

• Guatemala (GT)
• Haiti (HT)
• Cuba (CU)

Dependencies:

• French Guiana (GF)
• Guadeloupe (GP)
• Martinique (MQ)
• Puerto Rico (PR)
• Saint Martin (MF)
• Saint Barthélemy (BL)
• Saint Pierre and Miquelon (PM)

También podemos agregar (resto de países de América):

• Antigua y Barbuda
• Bahamas
• Barbados
• Belice
• Canadá
• Dominica
• Estados Unidos
• Granada
• Guyana
• Jamaica
• San Cristóbal y Nieves
• San Vicente y las Granadinas
• Santa Lucía
• Surinam
• Trinidad y Tobago

Creación de API

Is your feature request related to a problem? Please describe.
Se hace necesario crear un API para facilitar su uso en aplicaciones tanto móviles como para web.

Describe the solution you'd like
Crear un servidor API y compartirlo aquí.

Additional context
Fue requerido por programadores web.

[Data] Venezuela is not showing cases per subdivision anymore

¿How to deal with this?

Ausencia de Santiago del Estero - Argentina

Santiago del Estero ausente en normado ISO 3166-2

Warning: New format for csv titles and new row order.

We're going to change titles of our daily report file from
ISO 3166-2 Code,Province/State,Country/Region,Last Update,Confirmed,Deaths,Recovered
to
ISO 3166-2 Code,Country,Subdivision,Last Update,Confirmed,Deaths,Recovered
Also, if someome was using ordered row to run scripts whe're going to re-order all rows.
Criteria is:

• Order A-Z per Country
• Order A-Z per Subdivision

Please take care

[Don't answer] For contributor's table on README

[Don't answer this thread]

Coordinación entre colaboradores del repositorio

Is your feature request related to a problem? Please describe.
Falta un canal en el que podamos comunicarnos de forma directa y comunicar los cambios que se realizan de forma centralizada.

Describe the solution you'd like
Un servidor en:

• Discord
• Slack
• Whatsapp
• Otro: (Propuestas)

Describe alternatives you've considered
Uso cualquier medio, en mi caso no tendría inconvenientes.

[Automation] Cuba

#52 dejo el enlace al repositorio que tiene enlace API para poder actualizar la data diaria de forma automática

https://github.com/correaleyval/covid19cuba_api

Formato de contribución y guías

Actualmente no existen guías rápidas para los que contribuyen al proyecto y los que recién se van anexando.

Falta:

1. Videos explicativos.
2. Guías y plantillas para Github
3. Actualización de archivos README's dentro de cada carpeta
4. Otras ideas que puedan surgir para simplificar la contribución.
5. Soporte para otros idiomas

Panama data not according to top level division.

Describe the bug
@josetup123 9474437 and a04547c
Please, fix Panama data. It must be consistent with top level administrative divisions. Follow the template. Do NOT touch, modify, add or delete ISO codes or names.

Expected behavior
Panama has the following divisions:

PA-1,Bocas del Toro,Panama,,,,
PA-4,Chiriqui,Panama,,,,
PA-2,Cocle,Panama,,,,
PA-3,Colon,Panama,,,,
PA-5,Darien,Panama,,,,
PA-6,Herrera,Panama,,,,
PA-7,Los Santos,Panama,,,,
PA-8,Panama,Panama,,,,
PA-10,Panama Oeste,Panama,,,,
PA-9,Veraguas,Panama,,,,
PA-EM,Embera,Panama,,,,
PA-KY,Guna Yala,Panama,,,,
PA-NB,Ngabe-Bugle,Panama,,,,

Files with the bug

Additional context
It is important to be consistent. Please only modify data and not names, ISO codes or any other columns of the template.

Edición de CSV

Estaba usando Excel para editar el csv. Cuando hago un cambio en una línea del archivo y guardo, el diff me arroja cambios en todas las lineas del archivo. A qué se debe?

Argentina - Revisión 2020-03-29

Describe the bug
Se encontró una incosistencia en el archivo 2020-03-29.csv, porfavor @martingra podrías revisar este commit que se realizó para que Bolivia pueda subir su información ce86552#diff-5760954246cbe4ad92bffaf88a4afd72
Hay una fila sobrante que se subió

Expected behavior
Revisar y confirmar los números, finalmente cerrar este Issue.

Absence of data

[Last Update: 2020-03-04T16:29:02]
Describe the data error
First of all, thanks of all contributors.
After @ivanMSC helped us with the elaboration of the map we can easily see the absence of data. I will label the maintainers corresponding to each country so that they can review and in case of errors correct the information.

Where's the error?
Error founded per country (For confirmed cases only)

• Argentinta (ALL OK):

• Bolivia (@mamanipatricia): ALL FIXED (2020-03-04), commits below

• Brazil (All OK):

• Chile (All OK)

• Honduras (Automated ALL OK)

• Mexico (@carranco-sga ALL OK)

• Costa Rica (Automated, external API provided in progress to validate information, waiting)

• Dominican Republic (Automatic @ZurMaD ):
  

• El Salvador (unmaintained)

• Nicaragua (unmaintained)

• Panama (unmaintained)

• Paraguay (unmaintained)

• Uruguay (unmaintained)

• Colombia (Automated @dfuribez ):
  

  • 2020-03-23.csv
  • 2020-03-22.csv

(All CO-X codes, looks like general error this day)

• Ecuador (@pablora19 ):
  

  • No data for 2020-03-03 to 2020-03-12.csv. Daily report directory

• Peru (@ZurMaD @diegocl02 ):
  

  • 2020-03-16.csv Temporaly duplicated day 29
  • 2020-03-17.csv
  • 2020-03-18.csv
  • 2020-03-10.csv

• Venezuela (@rendergraf ):
  

• Multiple data not founded, we're going to call help to support Venezuela's report.

Additional information
Don't forget to update the date the data is updated in this file.

Change columns order and titles

Hola, si cambiamos la columna Province/State por Subdivision y Country/Region por solo Country en los reportes diarios, además cambiar el orden actual de ISO 3166-2 Code,Province/State,Country/Region por ISO 3166-2 Code,Country,Subdivision cuántas cosas tendríamos que cambiar, me parece necesario.

[Automation] El Salvador

We're going to scrap dashboards
I'm working on it.
Part of #52

Adding new columns: quantity of test realized?

Modificacion estructura DB:
deberia agregarse pruebas realizadas como columma?

La finalidad:
saber cuantas personas fueron a realizarse la prueba sin embargo no dieron positivos

[Automation] Paraguay

En este artículo de Wikipedia está el numero de casos por fecha y por departamento.
https://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Paraguay

Si alguien quiere encargarse de automatizarlo

Los numeros de muertos o recuperados no están detallados por departamento.

Parte de #52

Control of branches

We need branches for:

• API (with clean data)
• master (for all commits)
• others (please suggest)

Algunas coordenadas de Perú están invertidas

Describe the bug
Algunas coordenadas de Perú están invertidas

Code and Logs and screenshots