dpaleyev / hse22_hw1

hse22_hw1

Обязательная часть

1. Создадим символьные ссылки чтоб избежать копирования.

ln -s /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/oil_R1.fastq
ln -s /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/oil_R2.fastq
ln -s /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/oilMP_S4_L001_R2_001.fastq
ln -s /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/oilMP_S4_L001_R1_001.fastq

2. Установим seed (в моем случае это 721) и через seqtk выбираем случайно 5 миллионов чтений типа paired-end и 1.5 миллиона чтений типа mate-pairs

seqtk sample -s721 oil_R1.fastq 5000000 > sub1.fastq
seqtk sample -s721 oil_R2.fastq 5000000 > sub2.fastq
seqtk sample -s721 oilMP_S4_L001_R1_001.fastq 1500000 > matepairs.fastq
seqtk sample -s722 oilMP_S4_L001_R2_001.fastq 1500000 > matepairs2.fastq

3. С помощью программы fastQC оцениваем качество исходных чтений и выводим по ним общую статистику c помощью multiQC.

mkdir fastqc
ls sub* matepairs* | xargs -tI{} fastqc -o fastqc {}
mkdir multiqc
multiqc -o multiqc fastqc

4. С помощью программ platanus_trim и platanus_internal_trim подрезаем чтение по качеству.

platanus_trim sub*
platanus_internal_trim matepair*

5. Удаляем исходники.

rm sub1.fastq
rm sub2.fastq
rm matepairs.fastq 
rm matepairs2.fastq

6. С помощью программы fastQC оцениваем качество исходных чтений и выводим по ним общую статистику c помощью multiQC.

mkdir fastqc_trim
ls sub* matepairs*| xargs -tI{} fastqc -o fastqc_trim {}
mkdir multqctrim
multiqc -o multqctrim fastqc_trim

7. С помощью программы “platanus assemble” собираем контиги.

time platanus assemble -o Poil -f sub1.fastq.trimmed sub2.fastq.trimmed 2> assemble.log

8. С помощью программы “platanus scaffold” собираем скаффолды из контигов.

time platanus scaffold -o Poil -c Poil_contig.fa -IP1 sub1.fastq.trimmed sub2.fastq.trimmed -OP2 matepairs.fastq.int_trimmed matepairs2.fastq.int_trimmed 2> scaffold.log

9. C помощью программы “platanus gap_close” уменьшаем промежутки.

time platanus gap_close -o Poil -c Poil_scaffold.fa -IP1 sub1.fastq.trimmed sub2.fastq.trimmed -OP2 matepairs.fastq.int_trimmed  matepairs2.fastq.int_trimmed 2> gapclose.log

Ссылка на ноутбук: https://github.com/dpaleyev/hse22_hw1/blob/master/src/hw.ipynb