Estefania Cano Sánchez

Este proyecto Bioinformático fue realizado como trabajo final para el curso de Bioinformática del Posgrado en Ciencias Biológicas de la UNAM. Contiene los scritps necesarios para realizar un ensamblado de novo del genoma de la especie Macaca mulatta con las secuencias obtenidas de la plataforma Illumina. Los datos fueron tomados de la base SRA(Sequence Read Archive) . Se detallan los scripts pata los paquetes Asperta Connect, SRA Toolkit, Soap de novo2 incluidos los links para su descarga.

La carpeta "bin" contiene las funciones específicas en scripts que fueron utilizados para la instalación de softwares, el preprocesamiento de los datos y el procesamiento final del proyecto:

La carpeta "data" contiene dos subcarpetas:

a) RAW DATA: el archivo de las secuencias crudas en formato .SRA y convertidas a .FASTQ

b) Ensamblaje: el archivo de salida del ensamblado de secuencias mediante el software SOAPdenovo2.