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Notas ecoinformáticas para la revista Ecosistemas
Gracias @iremendoza !
Submission planned for July 2017.
Podeis comentar hasta finales de Junio: https://github.com/ecoinfAEET/Notas_Ecosistemas/tree/master/GitHub_para_Ecologos
Liderada por @ajcanepa (ver #1 (comment))
Inicio n borrador de nota sobre acceso a datos dando a conocer @ropensci : https://github.com/ecoinfAEET/Notas_Ecosistemas/blob/master/notas/ropensci.Rmd
Contribuciones bienvenidas, y naturalmente resultan en co-autoria de la nota.
Aún hay mucha gente en contra o indecisa respecto al open science... Escribir algo breve sobre por qué la ciencia debe ser abierta (e.g. Wolkovich et al.). Y también sobre los beneficios para el propio investigador de practicar open science (Kiernan et al)
Explicar las ventajas y un manual muy simple usando use_this{} seria genial.
Hola,
¡Tenemos nueva nota ecoinformática para revisar! @OliviaLorente-Casalini y colaboradores han escrito una nota con una introducción al conjunto de paquetes englobados en tidyverse, sus perspectivas futuras y tutoriales de las funciones principales.
Archivo Word: 2745-Texto del artículo-14062-2-2-20240415.docx
Queda abierta la revisión grupal hasta el día 8 de mayo. Aquí podéis leer cómo funciona el proceso de revisión abierta.
Gracias por vuestra participación.
Javi Valverde y Odin Moron.
Hemos pensado preparar una nota sobre como trabajar con datos que no caben en la memoria centrandonos en datos estructurados y en pequeños trucos para aliviar la carga de memoria del ordenador. Algun que otro paquete para bigdata y alguna nocion de paralelismo muy basica
Saludos. Odin
Ver #1 (comment) by @CarlosLaraR
Repositorios, DOIs, metadatos etc.
Posibilidad de hacer una nota única, o probablemente mejor, separar datos y código. Yo podría liderar la de código, y creo que @ajpelu podría escribir la de datos no?
Holas, muy buenas.
Lo primero, soy bastante nuevo en GitHub y si bien uso RMarkdown hace un tiempo, nunca lo he conectado con un gestor de referencias (o cualqueir archivo .bib) y estoy teniendo un error que no comprendo.
Simplemente me he descargado los 4 ficheros de Notas_Ecosistemas/template, los he descargado en un directorio y cuando le doy a ejecutar todo el fichero plantilla_NotaEcoinf.Rmd
me sale el siguiente error:
Error in WriteBib(entry[order(keys)], file = file, append = append, ...) : Must supply and object of class BibEntry
Entiendo que está pasando algo con los ficheros .bib
que he descargado, pero ni idea qué puede ser....
Adaptar esto: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002128 y añadir algun codigo rápido para hacerlo en R.
El texto aquí: https://github.com/ecoinfAEET/Notas_Ecosistemas/tree/master/VegX
A comentar!
Os pareceria colgar las notas en este repo antes de ser publicadas para que la comunidad pueda detectar cualquier potencial error, o mejorar la nota?
Vamos haciendo una lista de posibles temas a tratar en esas notas? Se pueden proponer temas que nos gustaría ver o, aún mejor, apuntarse para escribir alguno.
Cómo publicar datos y código (repositorios etc)
p-values
AIC
Modelos mixtos
SEM
Estadística Circular (#2)
Manejo de metadatos (EML, etc)
Ver #1 (comment) by @CarlosLaraR
Liderada por @ruizbp. Fecha prevista de submission: Mayo-Junio 2018
¡Hola a todos!
Tenemos nueva nota ecoinformática, enviada por @jabiologo tras su flamante seminario sobre integración de distintas fuentes de datos para estimar abundancias.
Archivo Word:
2504-Texto del artículo-12094-1-2-20221201.docx
Archivo PDF:
2504-Texto del artículo-12094-1-2-20221201.pdf
Y no os perdáis el material suplementario:
2504-Material Suplementario-12093-1-2-20221201.pdf
Queda abierta pues la revisión grupal hasta el día 8 de Enero de 2023. Aquí podéis leer cómo funciona el proceso de revisión abierta
Muchas gracias a todos como siempre por vuestra participación y colaboración
Antes de hacer una nota sobre la creacion de paquetes, mejor hacer una sobre creacion de funciones:
explicar que es muy facil (encerrar codigo dentro de dos llaves y nombrar a la funcion, grosso modo), es muy util (repetibilidad en el codigo, mucho menos error/bug prone), explicacion de exqueletos de roxygen.
Da ventaja a la nota sobre paquetes porque explicaria lo basico de repetibilidad + hacer funciones (el 99% de hacer un paquete) ylos archivos de ayuda, y dejaria la nota de paquetes centrarse en la estructura de archivos y carpetas (lo complicado) que se requieren para hacer el paquete.
Ademas, es un paso natural... de escribir codigo, se pasa a hacer funciones, y despues a hacer paquetes .
Yo podria hacerlo/coordinarlo una vez finalizado el de los graficos. Tengo ejemplos aptos para ecologos:
Saludos
Fer
Liderado por Javier Galeano
La plantilla de Rmarkdown que hay en este repo es para artículos completos de Ecosistemas. Las notas son más simples y no tienen todos estos elementos. Ajustar
Include R code
Hola equipo,
Os dejo una nueva nota sobre cienciometría para revisar durante la primera quincena de Junio (aprox.): https://github.com/ecoinfAEET/Notas_Ecosistemas/tree/master/cienciometria
Podéis dejar vuestros comentarios para mejorar la nota en este hilo. Os recuerdo las normas de la revisión grupal: https://github.com/ecoinfAEET/Notas_Ecosistemas/blob/master/Normas_revision_grupal.MD
Muchas gracias de antemano!
Nacho y Paco
Ver #1 (comment) by @CarlosLaraR
Submission tentativa para finales de Mayo.
Hola amigos,
¡Tenemos nueva nota ecoinformática para revisar! @Julenasti y @VeruGHub han escrito una nota explicando cómo funcionan git y GitHub. El manuscrito (en formato Word) está disponible aquí.
Esperamos vuestros comentarios y sugerencias (ver aquí cómo funciona la revisión grupal). Os recuerdo que ya publicamos una nota sobre GitHub (https://doi.org/10.7818/ECOS.1604), por @galeanojav, por lo que estaría bien tener en cuenta los posibles solapamientos y formas de complementarse.
Sería ideal si pudiéramos tener la nota revisada antes del puente de Diciembre, por lo que esperamos recibir vuestros comentarios hasta el viernes 3 de Diciembre.
Como siempre, gracias a tod@s por vuestra participación.
Hola,
Acabo de subir, para vuestra revisión y consideración, una posible nota sobre consejos para mejorar nuestro código y flujo de trabajo con R: https://github.com/ecoinfAEET/Notas_Ecosistemas/tree/master/consejos_mejor_codigo. La he subido en formato Rmd, Word y PDF.
La nota se basa en una breve presentación que di la semana pasada (https://doi.org/10.6084/m9.figshare.13362740). Parece que gustó y por eso me he animado a ponerlo por escrito.
Son mil y pico palabras ya, así que no hay mucho espacio para añadir cosas... Pero espero que podáis indicarme si conviene quitar o modificar algo.
¡Muchas gracias!
Liderada por @saizhugo
Fecha de envío estimada: Diciembre 2017
La nota puede partir de una descarga de datos de un conjunto de especies de GBIF y luego se limpian y se hace un mapa con el aspecto de los datos antes y después del filtrado y limpieza. La nota se centraría en limpieza de coordenadas (Paquete CoordinateCleanaer) y de nombre de especies (Paquete Taxize o similar). Finalmente se podría aplicar select y filter de dplry para seleccionar una parte de los datos ya filtrados.
Molaria un resumen de por que los p-valores son problematicos, y que alternativas hay. Se puede usar este articulo (con paquete de R para visualizar effect sizes) como guia: https://www.nature.com/articles/s41592-019-0470-3
Hola
Nos gustaría hacer una nota sobre machine learning aplicado a la ecología, con sus ventajas y limitaciones respecto a la estadística clásica y sus principales técnicas o algoritmos. Estaría liderada por @jdalcaraz y @RafaMMas.
¿Qué os parece?
Un saludo a todos
Explicar la problematica de usar Journal Impact Factors como metrica para evaluar CV's.
La AEET acaba de firmar DORA (https://sfdora.org/)se podia aprovechar para mencionarlo.
Hay de google, Wickham, etc... se puede hablar de la importancia de tener un estilo, y ejemplos.
Y otras recomendaciones estilisticas. O paletas de colores en general.
Hola a tod@s,
¡Tenemos nueva nota ecoinformática para revisar! @Jennerodas ha escrito una nota explicando cómo funciona el software informático Camelot para el manejo y procesamiento de imágenes de cámaras trampa utilizando inteligencia artificial.
Archivo Word:
camelot_rodas-trejo.docx
Queda abierta la revisión grupal hasta el día 6 de mayo. Aquí podéis leer cómo funciona el proceso de revisión abierta.
Como siempre, gracias a tod@s por vuestra participación.
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