eded2314 / vasp-scripts

Given a surface for WO3, these scripts generate POSCAR files of different initial configurations with H2, H, H2O, N2 molecules/atoms and organize them into folders that can be easily uploaded to a supercomputer. They do some post processing

VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) Scripts

More about VASP here

Features

• Initial structure gen for POSCAR and KPOINTS (POTCAR, INCAR, KPOINTS, and job file (.slurm) will need to be provided in the templates folder)
• OSZICAR plotter (Y v.s. steps)
• Adsorption energy calculator
• Bond length calculations between atom pairs
• HTML webpage generation with data and important previews
• More to come

Functions

• Freezing bottom two layers of atoms (can be modified to freeze bottom n layers)
• Simulation folder generation from the template folder
• Slabs, molecules, and atom manipulation (Adsorbates on a slab, Atom/Molecule in a vacuum, Vacancy on a slab)
• More to come

HTML output example

Graph output example

Coming soon (feature already done... don't know if I can upload the actual graph though)

Local Workspace Reference Tree

.

├── H
│   ├── 1stLayer
│   │   ├── O0
│   │   ├── O1
│   │   ├── O2
│   │   └── P0.0
│   └── 2ndLayer
│       ├── O0
│       ├── O1
│       ├── O2
│       ├── O3
│       ├── O4
│       └── O5
├── H2O
│   ├── V-O0-OD
│   ├── V-O1-OD
│   └── V-O2-OD
├── H2O_amount
│   ├── 2-O0-O1
│   └── 3-O0-O1-O2
├── H2O_x1y2
│   └── V-O0-OD
├── H2O_x2y2
│   ├── V-O1-OD
│   ├── V-O2-OD
│   └── V-O3-OD
├── H_x1y2
│   ├── 1stL-O0
│   └── 2ndL-O0
├── H_x2y2
│   ├── O1
│   ├── O2
│   └── O3
├── N
│   ├── O0
│   └── O2
├── N2
│   ├── V-O0-UPR
│   ├── V-O1-UPR
│   └── V-O2-UPR
├── N2_x1y2
│   └── V-O0-UPR
├── N2_x2y2
│   ├── V-O0-UPR
│   ├── V-O1-UPR
│   └── V-O2-UPR
├── POSTCONTCAR
│   ├── H2O_CONTCAR
│   ├── H_1stLayer_CONTCAR
│   ├── H_2ndLayer_CONTCAR
│   └── N2_CONTCAR
├── POSTOUTPUT
│   ├── Large
│   │   ├── H
│   │   ├── H2O_VAC_OSZICAR
│   │   └── N2_VAC_OSZICAR
│   ├── Medium
│   │   ├── H
│   │   ├── H2O
│   │   ├── H2O_amt_OSZICAR
│   │   └── N2_OSZICAR
│   ├── Small
│   │   ├── H2O_OSZICAR
│   │   ├── H2O_amt_OSZICAR
│   │   ├── H2_OSZICAR
│   │   ├── H_1stLayer_OSZICAR
│   │   ├── N2_OSZICAR
│   │   └── N_OSZICAR
│   ├── gas
│   ├── spin_Large
│   ├── spin_Medium
│   └── spin_Small
│       ├── H
│       │   ├── 1LO0
│       │   └── 2LO0
│       ├── H2O
│       │   └── V-O0-OD
│       ├── H2O_amount
│       │   ├── 2-O0-O1
│       │   ├── 2-vac-O0
│       │   ├── 3-O0-O1-O2
│       │   └── 3-vac-O0
│       ├── N
│       │   ├── O0
│       │   └── vO0
│       └── N2
│           ├── O0
│           ├── V-O0-UPR
│           └── bridge0
├── ads_x1y2
│   ├── H2O_x1y2
│   │   └── V-O0-OD
│   ├── H_x1y2
│   │   ├── 1stL-O0
│   │   └── 2ndL-O0
│   └── N2_x1y2
│       └── V-O0-UPR
├── ads_x2y2
│   ├── H2O_x2y2
│   │   ├── V-O1-OD
│   │   ├── V-O2-OD
│   │   └── V-O3-OD
│   ├── H_x2y2
│   │   ├── O1
│   │   ├── O2
│   │   ├── O3
│   │   ├── V-O1-OD
│   │   ├── V-O2-OD
│   │   └── V-O3-OD
│   └── N2_x2y2
│       ├── V-O0-UPR
│       ├── V-O1-UPR
│       └── V-O2-UPR
├── adsorbates
│   ├── H
│   ├── H2
│   ├── H2O
│   ├── N
│   ├── N2
│   ├── N2O
│   ├── NO
│   └── O2
├── notebooks
├── surface
├── surface_v
│   ├── O0
│   ├── O1
│   └── O2
├── surface_x1y2
├── surface_x2y2
├── templates_W001
├── templates_W001_x1y2
├── templates_W001_x2y2
└── templates_adsorbate

Super Computer Workspace Reference Tree

.
├── ads
│   ├── H
│   │   ├── 1stLayer
│   │   │   ├── O0
│   │   │   ├── O1
│   │   │   ├── O2
│   │   │   └── P0.0
│   │   └── 2ndLayer
│   │       ├── O0
│   │       ├── O1
│   │       ├── O2
│   │       ├── O3
│   │       ├── O4
│   │       └── O5
│   ├── H2O
│   │   ├── V-O0-OD
│   │   ├── V-O1-OD
│   │   ├── V-O2-OD
│   │   └── V-P0.0-OD
│   └── N2
│       ├── V-O0-UPR
│       ├── V-O1-UPR
│       └── V-O2-UPR
├── surface_v
│   ├── O0
│   ├── O1
│   └── O2
└── vac