falalas / aco

ACO

ACO_ align 用于对齐的.fastq文件的压缩，ACO_unalign用于非对齐的.fastq文件的压缩。

在这两个文件夹下，都有两个名称相同的子文件夹，encoder用于压缩，decoder用于解压。

使用指南

在linux操作系统下，运行程序仅需以下三个步骤：
1.克隆

执行命令 git clone https://github.com/Yoniming/ACO.git 将源码克隆到当前路径。

2.编译

在ACO_ align和ACO_unalign的./encoder目录下分别执行g++ -o aco.out *.cpp 生成可执行文件aco.out

在ACO_ align和ACO_unalign的./decoder目录下分别执行g++ -o de_aco.out *.cpp 生成可执行文件de_aco.out

3.运行

将××.fastq文件放在与aco.out同级目录下：

• 若是对齐的.fastq文件，放在../ACO_ align/encoder下，使用命令aco.out <文件名> [压缩模式] 进行压缩，如:
  aco.out ERR233152.fastq 2
• 若是非对齐的.fastq文件，放在../ACO_ unalign/encoder下，使用命令aco.out <文件名> 进行压缩，如:
  aco.out ERR233152.fastq

运行完后，会在当前目录下生成一个.stream后缀的压缩文件，若要解压该文件，将.stream和.fasta放在对应的./decoder 文件夹下：
使用命令de_aco.out <文件名> 进行解压，如：
de_aco.out ERR233152