ACO_ align 用于对齐的.fastq文件的压缩,ACO_unalign用于非对齐的.fastq文件的压缩。
在这两个文件夹下,都有两个名称相同的子文件夹,encoder用于压缩,decoder用于解压。
在linux操作系统下,运行程序仅需以下三个步骤:
1.克隆
执行命令 git clone https://github.com/Yoniming/ACO.git
将源码克隆到当前路径。
2.编译
在ACO_ align
和ACO_unalign
的./encoder
目录下分别执行g++ -o aco.out *.cpp
生成可执行文件aco.out
在ACO_ align
和ACO_unalign
的./decoder
目录下分别执行g++ -o de_aco.out *.cpp
生成可执行文件de_aco.out
3.运行
将××.fastq文件放在与aco.out
同级目录下:
- 若是对齐的.fastq文件,放在
../ACO_ align/encoder
下,使用命令aco.out <文件名> [压缩模式]
进行压缩,如:
aco.out ERR233152.fastq 2
- 若是非对齐的.fastq文件,放在
../ACO_ unalign/encoder
下,使用命令aco.out <文件名>
进行压缩,如:
aco.out ERR233152.fastq
运行完后,会在当前目录下生成一个.stream
后缀的压缩文件,若要解压该文件,将.stream
和.fasta
放在对应的./decoder
文件夹下:
使用命令de_aco.out <文件名>
进行解压,如:
de_aco.out ERR233152