hwen020 / pytorch-spine-segmentation

original repo：https://github.com/Vizards8/pytorch-spine-segmentation/tree/main

I'm another author of this project and the above author was the main contributor.

MIT summer project 2021

• 环境要求
• 如何运行
  • 准备数据
  • 调整超参
  • 安装环境
  • 下载代码
  • 前处理
  • 训练模型
  • tensorboard
  • 压缩logs
• Logs
• Todo
• 写论文需要的内容

环境要求

• pytorch 1.7
• torchio <= 0.18.45
• python >= 3.6

如何运行

准备数据

• GoogleDrive
• 将老师给的mit_ai_2021_course_2_project_1_dataset_train_1和mit_ai_2021_course_2_project_1_dataset_train_2合并
• 不使用mit_ai_2021_course_2_project_1_dataset_test中的数据，因为没有标签
• 将数据如下排列：务必检查好source200，label200，共计400个文件

pytorch-spine-segmentation
├── dataset
    ├── train
    │    ├── source
    │    │   ├── Case1.nii.gz
    │    │   ├── Case2.nii.gz
    │    │   ├── ...
    │    │   └── Case160.nii.gz
    │    └── label
    │        ├── mask_case1.nii.gz
    │        ├── mask_case2.nii.gz
    │        ├── ...
    │        └── mask_case160.nii.gz
    └── test
        ├── source
        │   ├── Case161.nii.gz
        │   ├── Case162.nii.gz
        │   ├── ...
        │   └── Case200.nii.gz
        └── label
            ├── mask_case161.nii.gz
            ├── mask_case162.nii.gz
            ├── ...
            └── mask_case200.nii.gz

调整超参

• 如有必要，详见hparam.py

安装环境(仅第一次，可保存不用反复安装)

如在服务器上运行，须执行额外包安装:

pip install torchio==0.18.45 tensorboard

下载代码(仅第一次)

cd /mnt/
git clone https://github.com/Vizards8/pytorch-spine-segmentation.git -b v1.1
cd pytorch-spine-segmentation/

将dataset.zip放在pytorch-spine-segmentation根目录下

unzip dataset.zip

前处理(仅第一次)

python preprocess.py

运行结束后核对数量，slice_train:source/label各2016,slice_test:source/label各507

训练模型(每次)

cd /mnt/pytorch-spine-segmentation/
nohup python main.py > runlog.txt 2>&1 &

查看显卡占用，确保正常运行

nvidia-smi

tensorboard

cd /mnt/pytorch-spine-segmentation/
tensorboard --logdir logs

压缩logs(均可)

zip -r logs.zip logs/
tar -cvf logs.tar.gz logs/

Logs

• 8.14 多分类标签问题调整完毕，现输出18分类，效果还行
• 8.15 添加validation
• 8.16 尝试colab，但是爆内存，修改切片大小为660*660，能跑，但是gpu限额
• 8.17 添加读数据进度条
• 8.17 添加test_split参数，可调整每次读取的数据量，不必删数据集
• 8.17 添加跑代码过程中的进度条，优化可读性
• 8.18 添加use_queue参数，可将一张原图切成多张小图读取
• 8.18 修改test
• 8.18 添加postprocess，组合为三维MRI
• 8.19 添加SegNet支持
• 8.20 添加PSPNet支持
• 8.23 添加Using Device，方便调试
• 8.25 添加IOU，Dice，FP，FN，待测试
• 8.27 测试GPU服务器性能，综合考虑，优选3090
• 8.27 搞半天label是0-19，20分类¿我TM
• 8.27 use_queue,sampler任然存在问题，but因为用不到，所以不改了
• 8.27 惊魂未定
• 8.28 问题排查，排除笔记本问题，但UNet的评价指标仍然异常
• 8.29 修改数据集划分，1-160位训练集，161-200为测试集，方便后续统计
• 8.31 怀疑：
  • 数据增强是不是太多了
  • lr是不是太大：修改lr = 0.0001，可行，但发现了后续其他bug
  • 权重初始化是不是不对，应该对的
  • 为什么预测是0，但是loss还在下降
    • 因为你用的sigmoid，他当成独立概率了，有一个为0.99，其他可能还有0.4，这个在降低，loss也在降低
  • 用softmax还是sigmoid，在测，均使用0.25的总数据集 不测了肯定用softmax
    • sigmoid，45epoch，loss0.3-0.4，缓慢下降
    • softmax，lr = 0.002，王懿测
    • softmax，lr = 0.0001，去掉/不去掉loss系数，都有个背景色label9，周能测
    • softmax，为什么val_loss这么大？因为还是sigmoid没改，我是伞兵
• 9.1 bug：包括但不限于
  • 我为什么用sigmoid
  • dice loss为什么要加权重
  • 我为什么要对测试集做数据增强
  • lr应该是多少
• 9.2 Tag_v1.0:softmax+无loss权重+0.0005(0.0001不行)+train/valid都有aug，看着还行
  • lr0.0001，小样本实验，loss:0.49/0.75,IOU:0.61/0.25，上下有别的label的边
  • lr0.0005
    • me跑的0.25，0.8/10epoch，50epoch，loss:0.46/0.50,IOU:0.63/0.55，对比下面貌似更好看一点
    • me跑的0.25，50epoch，loss:0.46/0.51,IOU:0.63/0.54
    • hairu跑的all，晚上看结果
      • 12h,30epoch,loss:0.2331/0.2225,IOU:0.563/0.5855(没写错)
      • 1d10h,80epoch,loss:0.1903/0.1975,IOU:0.6291/0.6246
• 9.2 测试：softmax+无loss权重+0.001(0.0005不行)+去掉valid的aug
  • lr0.0005，train/valid相差很大，我不懂，100epoch，loss:0.58/0.81,IOU:0.52/0.16
  • lr0.002，可以，就是收敛有点慢，78epoch，valid_IOU只有0.2
  • lr0.005，还是有点慢，关键颜色很混乱，100epoch，loss:0.44/0.62,IOU:0.4/0.2
  • lr0.01，仍然并不好看，100epoch，loss:0.36/0.52,IOU:0.43/0.20
  • 总结：validation颜色搅在一起，很奇怪，train没改，所以分割得很好也不奇怪
• 9.3 Tag_v1.1:v1.0+test没有aug+metrics去除indices
  • hairu跑的all，明天看结果
• 9.16-17
  • ESPNet:
    • 2018: ESPNet: Efficient Spatial Pyramid of Dilated Convolutions for Semantic Segmentation, 296 Ciatations
    • 好复杂啊，实现不了，告辞
  • CaraNet:
    • CaraNet: Context Axial Reverse Attention Network for Segmentation of Small Medical Objects, 0 Citations
    • 添加final layer解决20分类的问题，对应的需要改upsample的scale_factor为1/2
  • ENet:
    • 2016: A Deep Neural Network Architecture for Real-Time Semantic Segmentation
  • GCN:
    • 2017: Large Kernel Matters——Improve Semantic Segmentation by Global Convolutional Network
    • 后面loss不降了，dice只有0.26左右，全黑
  • ResUNet:
    • Road Extraction by Deep Residual U-Net
  • ResUNetpp:
    • ResUNet++: An Advanced Architecture for MedicalImage Segmentation
  • TransUNet:
    • TransUNet: Transformers Make Strong Encoders for Medical Image Segmentation
• 9.25-27
  • Res2Net最后三层注释了，因为没用到
  • PSPNet对比实验:
    • ResNet34:
      • /8只有三个upsample
      • conv2d->/2, maxpool->/2, block2->/2 --> batchsize=4.dice=0.85
    • Res2Net101:09250202
      • PSPNet修改三处，有注释
      • maxpool->/2, block2->/2, block3->/2 --> 模型过大:batchsize=1
    • Res2Net101:09260128
      • conv2d->/2, maxpool->/2, block2->/2 --> batchsize=2,dice=0.8
    • Res2Net50:09262300
      • conv2d->/2, maxpool->/2, block2->/2 --> batchsize=2,dice=0.8
    • ResNet101:09261258
      • conv2d->/2, maxpool->/2, block2->/2 --> batchsize=2,dice<0.65
    • ResNet34:09271013
      • conv2d->/2, maxpool->/2, block2->/2 --> batchsize=4,dice=0.8
    • ResNet101:09271605
      • dilation -->1/1/2/4
      • conv2d->/2, maxpool->/2, block2->/2 --> batchsize=2,dice=0.74
• 9.28-30
  • F.interpolate(x, size=(h, w), mode='bilinear', align_corners=True)
  • assert layers in [50, 101, 152]
  • PraNet:
    • PraNet: Parallel Reverse Attention Network for Polyp Segmentation, 69 Citations
    • Res2Net50:0.746
    • Res2Net101:0.735
  • SegFormer:
    • SegFormer: Simple and Efficient Design for Semantic Segmentation with Transformers
    • 是我想多了，输出1/4，我也不知道为啥
  • DANet:
    • 2019: Dual Attention Network for Scene Segmentation, 1342 Citations
    • ResNet50:0.81
    • ResNet101:0.83
    • upsample直接一步到位
  • CCNet:
    • 2019: CCNet: Criss-cross attention for semantic segmentation, 593 Citations
    • from inplace_abn import InPlaceABN, InPlaceABNSync
    • 没有上采样，我不理解;我自己加上了，不知道成不成
    • ResNet101 + recurrence=2:waiting
  • ANNNet:
    • Automatic detection of coronavirus disease (COVID-19) using X-ray images and deep convolutional neural networks, 579 Citations
    • ResNet101:waiting
    • upsample直接一步到位
  • GFF:
    • 2020: Gated Fully Fusion for Semantic Segmentation, 15 Citations
    • 本身成绩一般, Cityscapes test:82.3%, #20
  • Inf-Net:
    • Inf-Net: Automatic COVID-19 Lung Infection Segmentation from CT Images, 185 Citations
    • Res2Net50:0.75
    • Res2Net101:0.81
  • EMANet:
    • Expectation-Maximization Attention Networks for Semantic Segmentation, 149 Citations
    • ResNet101:0.85
  • OCNet:
    • 2018: OCNet: Object Context Network for Scene Parsing, 287 Citations
    • ResNet101:waiting
  • ANN:
    • 2019: Asymmetric Non-Local Neural Networks for Semantic Segmentation, 188 Citations
    • ResNet101:
  • DenseASPP:
    • 2018: DenseASPP for Semantic Segmentation in Street Scenes, 341 Citations
    • DenseASPP169:0.695
    • DenseASPP201:waiting
  • PSANet:
    • 2018: PSANet: Point-wise Spatial Attention Network for Scene Parsing, 404 Citations
    • 加了个lib_psa, 这个除法还蛮奇怪的
    • ResNet101:0.85
  • BiSeNetv2:
    • 2020: BiSeNet V2: Bilateral Network with Guided Aggregation for Real-time Semantic Segmentation, 57 Citations
    • 不清楚backbone:waiting

Todo

• 切片880*880过大，不合理，需要trick
• 边缘切片没有18个分类，效果肯定不好，是否影响整体模型 仍然放进去训练
• RandomElasticDeformation()会报warning，为了观感,暂时去除
• 其他模型
• 其他Loss函数
• 其他评价指标
• 有的切片没有18个分类，导致one-hot存在全0tensor，tp = 0, fn = 0, 所以正确率虚高 已去除

写论文需要的内容

• number of params
• evaluate
  • IOU
  • Dice
  • pixel acc
• model
  • UNet
  • SegNet
  • FCN
  • UNet++
  • PSPNet
  • DeepLabv3

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