ilkivoo / triplex

Triplex

Данные

Данные хранятся в data

_MEG3.fna -- последовательность некодирующей РНК MEG3

_MEG3.peaks_wo_N.fna -- это FASTA-файл с 6798 участками ДНК, которые соответствуют MEG3 пикам (т.е. местам генома, где связывается MEG3). Координаты участков указаны в названии последовательностей и соответствуют версии генома человека hg38.

_bkg.fna -- это FASTA-файл с 6798 случайно выбранными участками ДНК, где связывание MEG3 показано не было.

Сворачивание в структуру

https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAplfold.1.html

bindMEG3/startVienna.sh - этот скрипт запускает RNAplfold из пакета Vienna

NR_002766_basepairs - связынные участки MEG3

MEG3sites - неспаренные участки ДНК

Образование триплексов

http://bioinformatics.org.au/tools/triplexator/index.html

Для получения триплексов между всей MEG3 и случайновыбранными участками ДНК(_bkg.fna)

sudo triplexator -l 10 -fm 0 -of 1 -od MEG3WithBkg -o triplexMEG3andBkg.tpx -ss data/_MEG3.fna -ds data/_bkg.fna 

Для получения триплексов между всей MEG3 и участками ДНК, которые соответствуют MEG3 пикам (_MEG3.peaks_wo_N.fna )

sudo triplexator -l 10 -fm 0 -of 1 -od MEG3WithPeaks -o triplexMEG3andPeaks.tpx -ss data/_MEG3.fna -ds data/_MEG3.peaks_wo_N.fna 

Для получения триплексов между неспаренными участками MEG3 и случайновыбранными участками ДНК(_bkg.fna)

sudo triplexator -l 10 -fm 0 -of 1 -od UnpairedSitesMEG3WithBkg -o triplexUnpairedSitesMEG3andBkg.tpx -ss bindMEG3/MEG3sites -ds data/_bkg.fna 

Для получения триплексов между неспаренными участками MEG3и участками ДНК, которые соответствуют MEG3 пикам (_MEG3.peaks_wo_N.fna )

sudo triplexator -l 10 -fm 0 -of 1 -od UnpairedSitesMEG3WithPeaks -o triplexUnpairedSitesMEG3andPeaks.tpx -ss bindMEG3/MEG3sites -ds data/_MEG3.peaks_wo_N.fna 

Результат

ROC кривая:

• True positive -- триплексы, образованные с _MEG3.peaks_wo_N.fna (участки генома, где было связывание)
• False positive -- триплексы, образованные с _bkg.fna (участки генома, где связывание MEG3 показано не было)

resultForMEG3, resultForSitesMEG3 - содержат код для подсчета AUC для соответствующих ROC кривых