impulsogov / coronacidades-datasource Goto Github PK

Short-term forecasts of COVID-19 deaths in multiple countries

• Gerar dataframe com taxa de notificação diária + novos casos ajustados
• Cálculo do R_t para municipios e UFs
• Automatizar cálculo diário na API

Contexto

Dados estão do dia 14/05, mas temos até dia 25/05 no drive... o que está acontecendo?

Sugestão

• Testar o scheduler e ver qual a max data <-- acredito que o problema esteja aqui
• Testar o main.py e ver qual a max data

List of datasets tests checked

• br/cities/cases/full
• br/cities/cnes
• br/cities/embaixadores
• br/cities/farolcovid/main
• br/cities/simulacovid/main
• br/cities/rt
• br/states/farolcovid/main
• br/states/rt
• world/owid/heatmap
• inloco cities
• inloco states

Tests to be added

Please use this issue to post tests you would like to see added to the datasource. Once the test is implemented in a PR the implementer can add the PR link as an answer to the test suggestion post.

Format:

**endpointname**

Data: [get_name].py
Tests:
- ...
Missing:
- ...

Status of tests

Not used

File: get_embaixadores.py

Tests:

• Checks if the result is a pandas DataFrame
• Checks if there is no row with city_norm ending in space

Para não nos desesperarmos à toa

Criar função similar a _get_supplies()

What the hell is going on??

1. Puxar dados atualizados do CNES - conferir url - com script do Marco
2. Subir tabela br_cnes_health_infrastructure_202007 no drive e atualizar url no config["br"]["drive_paths"]["health_infrastructure"]
3. No endpoint get_health.py, trocar ventilators por icu_beds --> verificar dicionário de testes ;)
4. Verificar tabelas que chamam o get_health.now() - rodar essas também (i.e. colocar skip=False no arquivo de endpoints) para ver se da algum erro!
5. Escrever as tabelas na API local, ou seja, rodar: $ make loader-build-run
6. Expor a API local no seu navegador, ou seja, rodar $ make server-build-run e ver a API em http://localhost:7000/br

branch API: https://github.com/ImpulsoGov/coronacidades-datasource/tree/update-api-icu-beds/
branch Farol: https://github.com/ImpulsoGov/farolcovid/tree/update-api-icu-beds/

Base consolidada dos indicadores e classificações

• get_farol_main_cities: br/farolcovid/cities/main
• get_farol_main_states: br/farolcovid/states/main

Conteúdo:

• Classificação geral: risk
• Rt: today, avg_week, trend, risk
• Taxa de notificação: today, ranking [cities in state/states], risk
• Distanciamento social: mvg_week, mvg_last_week, risk
• Capacidade hospitalar: dday_beds_worst, dday_beds_best, dday_ventilators_worst, dday_ventilators_best, risk

• Data de atualização
• Fonte do dado

[ATUALIZAR COM O FLUXOGRAMA]

Tabela br/cities/cases/full:

• Novas colunas new_cases_by_100k_mavg, new_cases_100k_mavg_growth, new_deaths_by_100k_mavg, new_deaths_100k_mavg_growth segundo as novas regras de classificacao
• Gerar tabelas separadas para regional e estado com os casos e mortes agregadas, e os calculos nesses niveis

• Passar calculo feito no notebook para o loader

Contexto

Para não sobrecarregar o site, queremos ter uma base já filtrada para cada análise/seção do app. Logo, a estrutura da API deve ser facilitada para a inserção de novas bases.

Ideia para nomenclatura:

http://datasource.coronacidades.org:7000/[version?]/[country]/[unit]/[content]/csv

Exemplos

• ?/br/cities/simulacovid/csv: dados usados diretamente no SimulaCovid (casos e mortes + recentes, populacao IBGE, dados do SUS + embaixadores)
• ?/br/states/analysis/deaths/csv: base com o total de mortes por UF usada no heatmap

Bases gerais

Vale colocarmos as tabelas completas também?

• ?/br/cities/cases/full/csv: dados históricos de casos e mortes do Brasil.IO (corrigindo casos acumulados) + taxa de notificação estimada
• ?/br/cities/health_capacity/full/csv: dados do SUS + Embaixadores