kozo2 / cyautoworkshop

BioC Asia 2021 workshop "Cytoscape automation with RCy3"

Cytoscape automation with RCy3 (RCy3を用いたCytoscape automation)

Instructor

• Kozo Nishida ([email protected]) (西田 孝三)

Workshop Description (ワークショップの説明)

Cytoscape is a network visualization platform. (Cytoscapeはネットワーク視覚化プラットフォームです。)

Recently, workflows using Cytoscape can be automatically executed from R or Python. (最近、Cytoscapeを使用したワークフローをRまたはPythonから自動的に実行できるようになりました。)

This is important not only because it can be done automatically, but also because it allows you to take advantage of the rich data analysis packages of R or Python. (これは、自動的に実行できるだけでなく、RまたはPythonの豊富なデータ分析パッケージを利用できるため重要です。)

In this workshop, I will explain the basic usage of Cytoscape automation and more practical usage. (このワークショップでは、Cytoscape automationの基本的な使用法とより実用的な使用法について説明します。)

Prerequisites (前提条件)

• Basic knowledge of network and biology (ネットワークと生物学の基礎知識)
• Basic knowledge of R (Rの基礎知識)

Preparation (準備)

You need to use Docker Desktop to run and reproduce the workshop material. (ワークショップの資料を実行および複製するには、Docker Desktopを使用する必要があります。)

You also need to use Cytoscape in your local desktop environment in addition to Docker. (Dockerに加えて、ローカルデスクトップ環境でも[Cytoscape]（https://cytoscape.org/download.html）を使用する必要があります。)

Unlike other workshops, this workshop cannot be reproducible with Orchestra. (他のワークショップとは異なり、このワークショップはOrchestraでは再現できません。

And You need Google Chrome. My workshop does not work with Safari. (またあなたはGoogle Chromeを必要とします。私のワークショップはSafariでは動きません。)

How to set them up will be described later. (それらの設定方法については、後で説明します。)

How to use the Docker environment

1. Install Docker Desktop. (Dockerのデスクトップ版をインストールします。)

2. Run the command below. (下のコマンドを実行します。)

docker run -d -p 8888:8888 kozo2/cyautoworkshop

3. Open http://localhost:8888 with Chrome. (Chromeで localhost:8888 を開きます。)

Workshop Participation (ワークショップへの参加)

After the basic concepts of Cytoscape automation is introduced, (Cytoscape自動化の基本概念が導入された後、)

students will be given the opportunity to reproduce basic and practical example workflow. (学生には、基本的そして実用的なワークフローの例を再現する機会が与えられます。)

Bioconductor packages used (用いる Bioconductor パッケージ)

• RCy3 2.13.9 or after

This repository provides biologically relevant analyses using the RCy3 package. (このリポジトリは、RCy3 Bioconductor パッケージを使用して生物学的に関連する分析を提供します。)

The other dependencies (その他の依存)

• Docker Desktop
• Google Chrome (for using Jupyter Bridge)
• Cytoscape 3.9.0 (in your local Desktop environment, not in remote environment)

Workshop goals and objectives (ワークショップの目標と目的)

Learning goals (学習目標)

• Understand network data structures in Cytoscape (Cytoscapeのネットワークデータ構造を理解する)
• Understand how Cytoscape automation works (Cytoscapeの自動化がどのように機能するかを理解する)
• Know how to translate R data into Cytoscape network (RデータをCytoscapeネットワークに変換する方法を知る)
• Know how to querying the interaction database and getting it into Cytoscape (インタラクションデータベースにクエリを実行し、Cytoscapeに取り込む方法を知る)
• Know how to overlay expression analysis results on the interaction network (相互作用ネットワークに発現解析結果をオーバーレイする方法を知る)

Learning objectives (学習対象)

• Be able to automate local Cytoscape operations from R Jupyter (RのJupyterからローカルのCytoscape操作を自動化できる)
• Be able to control Cytoscape from RCy3 packages (RCy3パッケージからCytoscapeを制御できる)
• Be able to integrate R table data into Cytoscape network (node or edge) tables (RのテーブルデータをCytoscapeネットワーク（ノードまたはエッジ）テーブルに統合できる)