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Genome bento project with YCAM

YCAM InterLab Camp vol.3

山口情報芸術センター (YCAM) と、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) では、2016年からゲノムが解読された食材だけでつくる「ゲノム弁当」のコラボレーションを続けてきました。これまでの「ゲノム弁当の開発履歴」もご参照ください。

（画像は https://togotv.dbcls.jp/togopic.2013.18.html より）

2019年3月2日、YCAM InterLab Camp vol.3 では、ゲノム弁当を素材として、その食材に含まれる DNA を MinION シーケンサーで解読し、データベースを使って解読した DNA 配列がどの生物由来のものか検索する実習を行いました。

詳しいレポートが Make: (part 1, part 2) に掲載されているのでぜひご参照ください。

ゲノム弁当解読プロジェクト

• イントロダクション

参考資料

• クマムシゲノム解読の話
• ゲノム医科学への応用の話 (to be uploaded)

MinION で読んだ DNA 配列を見てみよう

• MinION で得られた DNA 配列の確認
• リファレンス配列の準備
• リードマッピングの準備
• rbcL のメタ植物ゲノム解析
• リファレンス配列へのマッピング
• おまけの解析

今回準備して頂いたゲノム弁当のサンプル

料理（9種類）

• れんこんひよこ豆味噌煮（れんこん、ひよこ豆、ひよこ豆味噌、のり）
• 炊き込みごはんの具（大根、にんじん、しめじ、ひえしょうゆ、ごま油）
• コロッケの中身（さつまいも、ひよこ豆味噌）
• 漬物 甘酢漬け（白菜、大根、水菜、酢（米）、砂糖（てんさい））
• きのこスープ
• ゲノムソース（味噌、アーモンド、しょうゆ、唐辛子、砂糖、ごま）
• きのこ豆腐ハンバーグ タネ
• オムレツ（玉子、じゃが芋、玉ねぎ、豆乳、オリーブ油）
• 人参サラダ（人参、キヌア、オリーブオイル、マスタードシード、くるみ、高菜）

食材（14種類）

• トマト
• しめじ
• 大根
• かぶ
• 人参
• じゃが芋
• 玉ねぎ
• レンコン
• ほうれん草
• 白菜
• キャベツ
• 黒米
• キヌア
• ひよこ豆

うち、太字 は MinION でのシーケンスにつかったもの。

ゲノム弁当の食材を充実させよう

「この食材のゲノムはまだ決まっていないのかな？」と思ったら、 食材の追加方法を見て探してみましょう。

参考文献

• よくわかるバイオインフォマティクス入門