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biotype: peak extraction and smilarity evaluation

フォルダの説明

• biotype: アルゴリズムを実装するPythonモジュールをまとめている。
• doc : 各種ドキュメントをまとめている。
• extracted_peaks: 下記の実験1で抽出されたピークをファイルに保存したもの。

biotype\similarity.py

1. similar_to() :類似度を計算する関数。各種類似度計算をまとめたもの
2. jaccard_similarity() :Jaccard類似度を計算する関数
3. rank_similarity() :Rank類似度を計算する関数.weighted=Trueなら、重み付きRank類似度を計算する

biotype\peak_extract.py

1. find_peaks() :ピークを抽出する関数。各種ピーク抽出手法をまとめたもの
2. align() :ピークアライメントを実現する関数。近似のピークに同じpeak_idを付与することで、<peak_id, intensity>のリストを返す。
3. rank() :intensityの高い順で<peak_id, intensity>から<peak_id, rank>に変換する関数。

テストプログラム

1. 実験1(test1_peak_extraction.ipynb)，ピーク抽出、pickleファイル保存を行うノートブック。
2. 実験2(test2_peak_alignment.ipynb),ピークアライメントをテストするノートブック。
3. 実験3(test3_similarity.ipynb), 各種類似度計算をテストするノートブック。
4. 実験4(test4_biotype.ipynb), 各種菌株識別をテストするノートブック。