larmarange / analyse-r

Introduction à l'analyse d'enquêtes avec R et RStudio

Introduction à l'analyse d'enquêtes avec R et R Studio

Site consultable à l'adresse http://larmarange.github.io/analyse-R/

Ecriture des chapitres

L'ensemble des chapitres sont écrits en Rmarkdown et encodés en UTF-8. La page Wiki Conventions indique les conventions retenues (typographie, figures, nom des fonctions, extensions, concepts, encadrés...).

Une fois un chapitre ajouté, il importe de mettre à jour la table des manières, à la fois dans le fichier index.Rmd et dans le fichier include\before_body.html.

Il est recommande de lire au préalable le Carnet de Développement.

Scripts disponibles

Le script R verification_installation_dependances.R permet de vérifier la présence, et le cas échéant d'installer, les extensions nécessaires à analyse-R.

Le script R make_pdf.R permet de générer un PDF de l'ensemble du site. Pour cela, il est nécessaire que le logiciel Prince XML soit disponible sur votre machine. On pourra télécharger Prince XML à http://www.princexml.com/.

Le fichier Makefile regénérera l'ensemble des pages web du site à partir des fichiers sources écrits en Rmarkdown puis appelera le script make_pdf.R pour mettre à jour le PDF du site.

Pour exécuter le fichier Makefile, le plus simple consiste à ouvrir analyse-R avec RStudio puis à cliquer sur Build All dans l'onglet Build du quadrant supérieur gauche.

analyse-r's Issues

Rendre les images clickables pour les voir en entier

Prévoir un index des concepts

Ce qui signifie taguer les concepts avec <em class="concept">

Chapitre Ecrire ses propres fonctions

Voir chapitre 3 de http://framabook.org/16-r-et-espace/

Titre

Allez, un dernier commentaire et j'arrête de pourrir tes issues pour aujourd'hui…

Vu les chapitres que tu prévois d'ajouter (réseaux, spatial, etc.), c'est de l'analyse de données plutôt que seulement des données d'enquêtes, non ?

Je profite de cette question pour dumper mon archive de trucs utiles pour R, qui contient des tonnes d'exemples (j'en ai d'autres sur disque dur, dans le cours que j'ai proposé de transposer en grande partie dans certains chapitres, et sur Polit'bistro) :

https://pinboard.in/u:phnk/t:r/

Import de données et readr

Aujourd'hui readr a un problème majeur en termes d'encodage des caractères.

cf. tidyverse/readr#40

Il est préférable d'attendre que ce problème soit fixé avant de baser la section fichiers textes du chapitre Import/Export de données sur readr

Scrolling

Essayer scrollTo pour améliorer le scrolling (notamment avec le padding vertical)

Chapitre introduction

• Présentation de R
• Philosophie de R
• Présentation de RStudio

Ajouter un menu latéral à la page

Voir http://www.codingeverything.com/2014/02/BootstrapDocsSideBar.html

Chapitre Les Tableaux de données

Basé sur la section Premier travail avec les données de Intro R

Ajouter une section Résultats

Y mettre les contenus relatifs à l'export, la rédaction de rapports (RMarkdown) ou bien encore une présentation de ggplot2

Index des extensions

Présenter updateR()

cf. http://www.r-statistics.com/2015/06/a-step-by-step-screenshots-tutorial-for-upgrading-r-on-windows/#more-61262

Couleurs et palette de couleurs

Approfondir > Graphiques

• Les couleurs disponibles : http://www.stat.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf
• Les palettes de base : http://www.rdocumentation.org/packages/grDevices/functions/palettes
• L'excellent RColorBrewer (les pallettes disponible, la fonction smoothPalette...)
• Viridis https://cran.r-project.org/web/packages/viridis/

Chapitre données pondérées

Discussion sur le chapitre données pondérées

Chapitre sur data.table

Graphiques univariés et bivariés

Ces deux chapitres de la section Analyser > Stats introductives ont pour vocation à compléter les chapitres Stat univariée et Stat bivariée.

Il a déjà até admis que Graphs univariés n'abordera que les graphs de base de R tandis que Graphs bivariés introduira ggplot2.

Chapitre analyse de survie

• https://www.openintro.org/download.php?file=survival_analysis_in_R&referrer=/stat/surv.php
• http://www.stat.ubc.ca/lib/FCKuserfiles/file/pdfslide-Lucy.pdf

Chapitre séries temporelles

Si ça peut être pertinent, quelques exemples basiques :

http://f.briatte.org/teaching/ida/090_ts.html
http://f.briatte.org/teaching/ida/091_lags.html
http://f.briatte.org/teaching/ida/092_smoothing.html
http://f.briatte.org/teaching/ida/093_practice.html

Nuage de mots

cf. http://cran.r-project.org/web/packages/tagcloud/vignettes/tagcloud.pdf

Sankey diagram

http://www.r-bloggers.com/plotting-flows-with-riverplot/
http://timelyportfolio.github.io/rCharts_d3_sankey/example_build_network_sankey.html

Ajouter pied de page

Avec icône de la licence

PDF de tout le site

A générer automatiquement. Utiliser un script R produisant un fichier HTML regroupant tous les chapitres, puis génération d'un PDF à partir de Prince XML

Plusieurs graphiques sur une même page

Section Approfondir

Quelques ressources :

• http://www.cyclismo.org/tutorial/R/intermediatePlotting.html#multiple-data-sets-on-one-plot (for par)
• http://www.cookbook-r.com/Graphs/Multiple_graphs_on_one_page_(ggplot2)/
• http://cran.r-project.org/web/packages/gridExtra/vignettes/arrangeGrob.html
• http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-easy-way-to-mix-multiple-graphs-on-the-same-page-r-software-and-data-visualization#grid.arrange-create-and-arrange-multiple-plots

Chapitre premier contact et interface

Basé sur le chapitre Prise en main de Intro R

Accent sur l'interface de RStudio

Organiser ses scripts

Le répertoire de travail

La notion de projets avec RStudio

Chapitre modèles GEE

Présentation des données labellisées dans les chapitres

Comment gérer des données avec des étiquettes. Voir haven, sjPlot, sjmisc... en particulier

Chapitre Où trouver de l'aide

à reprendre de intro-r

Ajouter paragraphes sur les commentaires de analyse-R

Chapitre interpolation spatiale

Ajout moteur de recherche

cf. https://duckduckgo.com/search_box

Il faudra néanmoins attendre une indexation de analyse-R par bing (demande effectuée aujourd'hui).

Sinon, il y a aussi l'option Google (mais ca pose le problème des données personnelles).

Intégration de dplyr

Ce serait un bon chapitre à ajouter. Par contre, je n'ai pas encore vraiment expérimenté ce package

Conventions

Fil de discussion de ce document.

Chapitre expressions régulières (regex)

À mon avis, ça vaudrait vraiment le coup, et Alexandre Hobeika a fait un super tutoriel très facilement adaptable.

Packages recommandés : stringr (qui utilise stringi en back-office).

Chapitre réaliser des cartes

Chapitre installation

R / RStudio / Package

describe dans premier travail avec les données

Mettre à jour le chapitre en fonction de juba/questionr#53

Ajouter un makefile regénérant tout le site

Ajouter un tooltip sur les fonctions indiquant le package

Chapitre ggplot2

Intégrer zeroclipboard

Pour copier facilement le code R

cf. http://zeroclipboard.org/

Ajouter commentaires Disqus

Chapitre diagrammes avec R

• Package diagram http://cran.r-project.org/web/packages/diagram/index.html
• http://blog.rstudio.org/2015/05/01/rstudio-v0-99-preview-graphviz-and-diagrammer/

Structure du site

Discussion de la structure du site

En lien avec le wiki https://github.com/larmarange/analyse-R/wiki/Structure-du-texte

Graphiques avancés : ternary diagrams

http://www.ggtern.com/

Chapitre analyse de réseaux

Voir avec Julien Barnier si accord pour portage de http://alea.fr.eu.org/git/doc_reseaux_r.git/blob_plain/HEAD:/networks.pdf

Graphiques données libellées

@briatte

Que souhaite-tu mettre dedans ?

S'il s'agit juste de convertir en facteur avec les labels, y a pas besoin d'un chapitre dédié.

Ou est-ce que tu veux faire référence au package sjPlot?

Détecter automatiquement les packages manquants ?

Hey,

En ce qui concerne ce script, as-tu envisagé de détecter semi-programmatiquement les packages manquants ? Le code ci-dessous ne résout pas tout (je pense à time_length), mais ça peut servir de base.

if(!require(devtools))
  install.packages("devtools")

require(devtools)

#1. find missing packages

p = c()
for(f in list.files(pattern = "Rmd$")) {

  t = readLines(f)
  p = unique(c(p, t[ grepl("^(library|require)", t) ]))

}
p = gsub("library|require|\\(|\\)", "", p)
m = p[ !p %in% installed.packages()[, 1] ]

cat("Missing packages:", paste0(m, collapse = ", "))

#2. process either through CRAN or devtools

thru_github = c("lubridate", "questionr", "JLutils")
repo_github = c("hadley", "juba", "larmarange")

for(i in m[ m %in% thru_github])
  install_github(i, username = repo_github[ which(thru_github == i) ])

for(i in m[ !m %in% thru_github])
  install.packages(i)

if(any(!p %in% installed.packages()[, 1]))
  warning("Certaines installations ont échoué.")

Avec ce code, tu peux aussi tester la version minimale de R requise pour le cours :

#' @source http://stackoverflow.com/a/30600526/635806
minimumRVersion <- function(packageList) {
  requirements <- NULL

  for (p in packageList)
  {
    # Get dependencies for the package
    dep <- packageDescription(p, fields = "Depends")

    if (!is.na(dep))
    {
      # dep will be something like:
      # "R (>= 3.1.0), grDevices, graphics, stats, utils"
      # split by comma
      dep <- unlist(strsplit(dep, ","))
      # Find requirement for R (may not exist)
      r.dep <- dep[grep("R \\(", dep)]
      if (!length(r.dep))
        r.dep <- NA
    }
    else
      r.dep <- NA

    requirements <- c(requirements, r.dep)
  }

  return(requirements)

}
v = na.omit(minimumRVersion(p))
v = gsub("\\s?R\\s\\(>=\\s|\\)", "", v)
v = sort(v)[ length(sort(v)) ]

message("Le cours requiert R version ", v, " ou supérieure.")

À l'heure actuelle, j'obtiens R 3.1.0+.

Chapitre Manipulation des dates avec lubridate

Chapitre "Formules"

Le commit 3387c30 est destiné à la rubrique “Extras”, sous-rubrique “Syntaxe”.

J’y fais la demo de lattice, qui est pratique ici pour montrer un exemple de notation formula. J'y compare aussi aggregate et xtabs à dplyr, ce qui fait la jonction en des fonctions R base et dplyr.

Le texte n’est pas développé : dis-moi d’abord si le principe du chapitre (les deux comparaisons) te convient.

Chapitre récupération de données numériques (scraping)

J'ai un exemple ici (communiqués du FN), qui peut aussi servir pour le chapitre réseaux, d'ailleurs, et un autre exemple ici (comptes Twitter des eurodéputés). Les deux exemples sont courts et faciles, et basés sur des sites Internet qui, avec un peu de chance, devraient rester disponibles.

Un autre exemple ici, par Alexandre Hobeika et Étienne Ollion.

Générer une page Index des fonctions