Por Madisson Azucena Luna Bárcenas

Este repositorio contiene datos tomados RADseq pre-procesados y mapeados en formato .bam de Dipodomys merriami y D. deserti, tomados de Jezckova et al. 2015^{1 2} disponibles en Dryad ("Jezkova_2014_Dipodomys_Mapped_Reads.tar.bz2") y un análisis de Genética de poblacionesde los mismos

En la carpeta bin se encuentran los scripts para:

1. Realizar el llamado de los SNP´s y obtener estadísticos de diversidad Pi, FST y heterocigocidad con pipelines de Stacks ver.1.46; Script_Stacks
2. Hacer análisis comparativos de los estadísticos de genética de poblaciones entre especies y entre poblaciones con R ver. 3.3.0; Script_RGenPob
3. Hacer un PCA con SNPRelate para separar poblaciones; Script_SNPRelate
4. hacer análisis de estructura con FastStructure Script_FStr

En la carpeta data se encuentra:

• Una submuestra de los datos .bam que se analizaron con la pipeline de Stacks (Nota: Estos datos son solo una parte de los datos que se utilizaron para obtener los resultados que se muestran en el Resumen. Sin embargo la Script de Stacks funciona con esta submuestra y con los datos totales)
• Los archivos "popmap" y "popmapNS" con información referente a la población de procedencia de cada muestra, el primero separando por especies y el segundo separado por especie y por población norteña y sureña para el Script_Stacks.
• Un archivo "pob" necesario para el Script_SNPRelate.

Bibliografia

¹Jezkova T, Riddle BR, Card DC, Schield DR, Eckstut ME, Castoe TA (2015) Genetic consequences of post-glacial range expansion in two codistributed rodents (genus Dipodomys) depend on ecology and genetic locus. Molecular Ecology 24(1): 83-97. http://dx.doi.org/10.1111/mec.13012

²Jezkova T, Riddle BR, Card DC, Schield DR, Eckstut ME, Castoe TA (2014) Data from: Genetic consequences of post-glacial range expansion in two codistributed rodents (genus Dipodomys) depend on ecology and genetic locus. Dryad Digital Repository. http://dx.doi.org/10.5061/dryad.1nv6k