mariadukmak / staphylococcus-aureus

Curve Growth modeling-IPASS project

IPASS: Bacterial growth curve modeling

Curve Growth modeling -IPASS project 2020

Repository

De repository bevat de code, documentatie, rapport, poster en de applicatie van het IPASS-project. De library bevindt zich onder Code/. De code maakt gebruik van de Json bestanden die zich onder Extra bestanden/bevinden. De applicatie code bevindt zich onder Applicatie/ voor de runnen van de applicatie, is de runnen van de library nodig.

Documentatie

De documentatie is te vinden onder elke class en functie. De gegenereerde documentatie die bij de code hoort bevindt zich onder Documentation/. De documentatie kan ook als een HTML file gerund worden. Hiervoor moet de file gedownload worden.

Applicatie

Voor het gebruiken van de applicatie moet de code gerund worden. Hiervoor zijn deCode/,Applicatie/ en Json bestanden/ files nodig. Voor het runnen van de applicatie, moet alleen UI.py gerund worden.

Tests

De tests van de library bevindt zich onder Test/. Alleen de modules/classes in Code/ zijn getests.

Rpport en Poster

Het rapportage en de poster van het project bevinden zich in Rapport en poster/.

Bronnen:

1. Korstanje, J. (2020, 28 mei). Modeling Logistic Growth. Towards Data Science. https://towardsdatascience.com/modeling-logistic-growth-1367dc971de2

2. Modeling of the Bacterial Growth Curve (No. 6). (1990, June). Department of Food Science, Agricultural University Wageningen,. https://aem.asm.org/content/aem/56/6/1875.full.pdf

3. HOW TO SOLVE PRACTICAL ASPECTS OF MICROBIOLOGY (4. DETERMINATION OF THE PARAMETERS DEFINING THE BACTERIAL GROWTH). (2013). University of the Basque Country. https://ocw.ehu.eus/pluginfile.php/4718/mod_resource/content/1/Temas/4._DETERMINATION_OF_THE_PARAMETERS_DEFINING_THE_BACTERIAL_GROWTH_2.pdf

4. Convenient Model To Describe the Combined Effects of Temperature and pH on Microbial Growth. (1995, February). American Society for Microbiology. https://aem.asm.org/content/aem/61/2/610.full.pdf

5. The Bacterial Growth Curve and the Factors Affecting Microbial Growth. (2018, September 19). ThoughtCo. https://www.thoughtco.com/bacterial-growth-curve-phases-4172692

6. Estimation of Staphylococcus aureus Growth Parameters from Turbidity Data: Characterization of Strain Variation and Comparison of Methods. (2006, July 1). PubMed Central (PMC). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1489309/

7. Exponential growth & logistic growth (article). (2020). Khan Academy. https://www.khanacademy.org/science/biology/ecology/population-growth-and-regulation/a/exponential-logistic-growth

8. Bacterial growth curve microbiology | Log phase lag phase stationary phase in microbial growth. (2019, November 10). [Video]. YouTube. https://www.youtube.com/watch?v=ZebbwJ6H_DI

9. Staphylococcus aureus. (2019, January 2). UNL Food. https://food.unl.edu/staphylococcus-aureus

10. Bacterial Growth Curve. (2017). vitual Amrita Laboratories Univralizing Education. https://vlab.amrita.edu/?sub=3&brch=73&sim=1105&cnt=1