rgiessmann / peaks Goto Github PK

the skeleton compiles with errors so far

The program works now except for the plot and the saving of data in a csv-file (which will be the last thing I'll do..).
But: The results are quite strange....The printed Kd- value is really high and I'm not sure why? Could you maybe check if you can find the mistake? Maybe there is some problem of assigning the right corresponding values to each other?
Thanks!

Hey

Ich bastel gerade an dem define_ref_peak-Funktion rum. Allerdings weiß ich jetzt nicht genau, wie ich dafür sorgen kann, dass die durchschnittlichen Peak-Höhen der 0M-traces die neuen Peak Höhen für die Ref-trace ergeben?
Und irgendwo muss dann auch noch ein Fehler sein, aber ich weiß nicht wo...

Ich hab die Funktion mit 4 traces und

ref = prog.define_reference_peak(trace_list, accepted_offset=0.25)

print("trace_list:"+str(trace_list))
print("ref:"+str(ref))

getestet.

Kannst du mir da evtl einen Tipp geben oder etwas helfen?
Danke!

Hi, I arrived to this repository looking for a way to extract the data from fsa files. I am guessing your https://gitlab.tu-berlin.de/r.giessmann/fsa_to_csv_converter tool might do the trick, but doesn't seem to be public right now. Would it be possible for you to share this? Many thanks in advance!

Rafa

Hallo

Ich habe mich jetzt endlich mal wieder an das Programm gesetzt und versucht etwas zu schreiben, mit dem ich die Daten von dem Hoechst-Experiment analysieren kann. Hat leider nicht so ganz geklappt. Ich bekomme diese Fehlermeldung:

traceback (most recent call last): File "C:\Users\K\Desktop\Programm\New_data_and_method.py", line 33, in <module> ref = footprint.generate_averaged_negative_control(trace_list,accepted_offset=0.5) File "C:\Users\K\Desktop\Programm\footprint.py", line 213, in generate_averaged_negative_control correct_peaks_with_factor(trace,determine_factor_numerically(conc_0_traces[0],trace)) File "C:\Users\K\Desktop\Programm\footprint.py", line 407, in determine_factor_numerically for peak in trace.peaks: NameError: global name 'trace' is not defined

Grundsätzlich verstehe ich zwar, was der Fehler bedeutet, aber ich weiß nicht, wie ich ihn beheben kann...alles was ich bisher probiert habe, hat nicht funktioniert, und im Internet habe ich auch nichts gefunden, was mir weiterhilft.
Könntest du evtl mal schauen, ob du den Fehler beheben kannst?
Die Codes sind im Test-Ordner zu finden (new_data_new_method & footprint(bin mir nicht sicher, ob ich da was dran verändert habe))

Falls du in den nächsten Tagen keine Zeit haben solltest da mal drüber zu schauen, sag mir bitte bescheid, damit ich nach jemand anderem suchen kann, der mir hilft.

Danke!

When determining the factor numerically, it seems that peaks with a large peak_height influence the RMSD value stronger than they should.

Maybe we should change the RMSD calculation to a relative approach, i.e. calculating deviations in percent points instead of absolute height differences?