Awesome R 中文版(ZH_CN)

这里有很多非常不错的R包和工具. 该想法来自于awesome-machine-learning.

这里是包的导航清单，看起来更方便 https://awesome-r.com

for [Top 50](https://github.com/rstudio/RStartHere/blob/master/top_downloads_2016/top_packages) CRAN downloaded packages or repos with 400+

Awesome R
资源
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其他Awesome列表
贡献

Integrated Development Environments

集成开发环境

RStudio - 一个非常强大高效的图形界面开发环境，可以在Windows, Mac, 和Linux运行.
Emacs + ESS - ESS是一个emacs文本编辑器的一个统计分析的插件.
Sublime Text + R-Box - 一个在Sublime 2/3中使用R语言编程的插件.
TextMate + r.tmblundle - TextMate 1/2的插件.
StatET - 一个基于Eclipse的R语言IDE.
Revolution R Enterprise - 专注于大数据,大规模多处理器的功能,可以对学术用户免费提供和商业使用.
R Commander - 一个包括基本图形用户界面的R包.
IRkernel - Jupyter的R语言内核.
Deducer - 一个菜单驱动的数据分析的GUI工具,类似电子表格数据编辑器.
Radiant - 一个使用R语言，独立的基于浏览器接口的业务分析平台,基于Shiny。
Vim-R - Vim中R语言插件.
Nvim-R - Neovim中R语言插件.
JASP - 一个完整的贝叶斯和概念论相关方法的R包,和使用SPSS非常相似。
Bio7 - 一个包括创建,科学图像分析和统计分析的IDE.
RTVS - Visual Studio中R开发工具.

Syntax

改变你使用R方式的包

magrittr - 一个R语言高效的管道操作包.
pipeR - 多泛型管道的实现.
lambda.r - R语言中函数式编程和简单的模式匹配.
purrr - 一个高级函数编程语言包.

Data Manipulation

数据处理相关的包

dplyr - 快速数据操作和数据库查询.
data.table - 使用短小灵活的语法操作数据.
reshape2 - 灵活的数据排列,聚合处理.
readr - 一个快速简单的读取表格数据到R中的包.
haven - 对导入SPSS,STATA和SAS的文件进行改进.
tidyr - 方便对数据进行整理、传播和收集.
broom - 将统计分析对象转换成整齐的数据框(一种数据组织和呈现的方式).
rlist - 一个操作非规范化数据的工具箱.
jsonlite - 一个快速解析JSON文件的包.
ff - 设计用来存储大型数据集的数据结构.
lubridate - 一组日期和时间函数.
stringi - 基于ICU的字符串处理方案.
stringr - 基于stringi之上的对字符串处理API.
bigmemory - 提供共享内存和内存映射矩阵,同时也包提供额外的工具,包括线性模型.(biglm) 和随机森林 (bigrf).
fuzzyjoin - 使用不精确匹配的方式连接表数据.
tidyverse - 简单从tidyverse下载和安装包.

Graphic Displays

Packages for showing data.

ggplot2 - 强大的绘图统计和计算图形系统的实现.强烈推荐.
ggfortify -一个ggplot2(流行的统计软件包)统一的接口(使用一行代码即可).A unified interface to ggplot2 popular statistical packages using one line of code.
ggrepel - 排除重叠的文本标签.
ggalt - ggplot2额外的坐标系统,几何和统计.
ggtree - 可视化和注释的系统树.
ggplot2 Extensions - ggplot2扩展显示例子.
lattice - 一个强大优雅的高级数据可视化系统.
corrplot - 图形显示相关矩阵或一般矩阵。它还包含一些矩阵重新排序算法.
rgl - R中3D可视化系统.
Cairo - 一个使用cairo组件创建高质量显示输出的R图形包.
extrafont - 在R中图像中使用字体的工具.
showtext - 让R图形设备显示文本的时候使用系统字体.
animation - 一个使用 ImageMagick在R中产生动画图形的工具.
gganimate - 用ggplot2创建简单的动画.
misc3d - 强大的3D绘图工具.
xkcd - 在图表中使用xkcd风格.
imager - 一个基于CImg库的图像处理包.

HTML Widgets

Packages for interactive visualizations.

d3heatmap - 使用D3绘制互动的热图.
DataTables - 将R矩阵或数据框作为交互的HTML表
DiagrammeR - 在R中创建JS图表和流程图.
dygraphs - 在R中绘制时间序列数据图形.
formattable - 可格式化的数据结构.
ggvis - R中交互式的图形处理语法.
Leaflet - 一个非常流行的交互式地图JavaScript组件.
MetricsGraphics - 可以轻松创建D3散点图、折线图和直方图.
networkD3 - D3 JavaScriptR网络图.
scatterD3 - D3 互动散点图.
plotly - 使用plot.ly进行交互式ggplot2和Shiny绘图.
rCharts - 交互式JS绘图.
rbokeh - Bokeh的R接口.
threejs - 交互式3D散点图和地球仪.
timevis - 创建完全交互式的时间轴可视化图形.
visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化.

Reproducible Research

Packages for literate programming.

knitr - R中简单的动态报表生成工具.
xtable - 将表格导出到LaTeX或者HTML.
rapport - 一个R模版系统.
rmarkdown - R动态文档工具.
slidify - 创建和发布漂亮的html5展示效果.
Sweave - 使用R创建LaTeX报表的R包.
texreg - 在LaTex和HTML中格式化统计模型.
checkpoint - 从检查点快照服务器安装包.
brew - 报告模板的生成框架.可以和knitr合并.
ReporteRs - 一个生成微软Word, PowerPoint和HTML报表的R包.
bookdown - 使用R Markdown编写书籍.
ezknitr - 避免使用'knitr'带来的工作目录的痛苦.

Web Technologies and Services

Packages to surf the web.

Web Technologies List - 关于如何使用R和网络的相关信息.
shiny - 使用R创建简单的Web交互应用.
RCurl - 常规的网络客户端接口 (HTTP/FTP/...) .
httr - 使用更加友好的RCurl封装.
httpuv - HTTP和WebSocket服务程序.
XML - R中生成和解析XML的工具.
rvest - 简单的web信息抓取,使用CSSSelect 和 XPath 语法.
OpenCPU - HTTP API.
Rfacebook - Facebook API.
RSiteCatalyst - Adobe 分析服务的R语言客户端.
plumber - 一个将现有的R代码转换为API的包.

Parallel Computing

Packages for parallel computing.

parallel - R语言高性能的并行计算平台. multicore and snow.
Rmpi - Rmpi对MPI APIS提供了一个包装过的接口,它也提供一个交互式的R环境.
foreach - 使用并行来执行循环.
SparkR - R for Spark.
DistributedR - 一个来自惠普Vertica Analytics团队的可伸缩的高性能平台.
ddR - 提供分布式数据结构,简化了R中的分布式计算.
sparklyr - 来自RStudio的Spark接口.

High Performance

Packages for making R faster.

Rcpp - Rcpp在R中提供了一个高效的API,使得函数更快执行.
Rcpp11 - Rcpp11完全重新设计,以C++11为目标.
compiler - 使用JIT提高R代码的速度.

Language API

Packages for other languages.

rJava - R语言对JAVE接口.
jvmr - 集成了R, Java, and Scala.
rJython - R语言对Python/Jython的接口.
rPython - 允许R调用Python.
runr - 在R中运行Julia和Bash.
RJulia - R中调用Julia.
RinRuby - 一个Ruby库,整合了R用Ruby解释器.
R.matlab - 读写mat文件,将R和Matlab连接到一起.
RcppOctave -Octave and Matlab的接口.
RSPerl - 双向接口,R中调用Perl和在Perl中调用R.
V8 - 嵌入JavaScript引擎.
htmlwidgets - R中把JavaScript数据可视化的最好方法.
rpy2 - Python对R的接口.

Database Management

Packages for managing data.

RODBC - R中ODBC数据库范围.
DBI - 在R和数据库管理系统之间定义一个公共的接口.
elastic - Elasticsearch HTTP API的包装器.
mongolite - R中Mongo客户端.
RMySQL - R语言的MySQL数据库接口.
ROracle - R中Oracle数据库的接口.
RPostgreSQL - R语言的PostgreSQL数据库系统接口.
RSQLite - R语言SQLite数据库接口.
RJDBC - 通过JDBC接口访问数据库.
rmongodb - R中MongoDB驱动.
rredis - R中Redis驱动.
RCassandra -Apache Cassanda直接接口(不是JAVA)，提供了最多的基本功能.
RHive - 通过Apache Hive的R扩展促进分布式计算.
RNeo4j - Neo4j图形数据库驱动.

Machine Learning

Packages for making R cleverer.

AnomalyDetection - 来自Twitter的AnomalyDetection R包.
ahaz - 半参数添加风险回归的正则化.
arules - 挖掘关联规则和频繁项集.
bigrf - 大随机森林:大型数据集的分类和回归森林.
bigRR - 广义回归(特殊是在p >> n情况下).
bmrm - 风险最小化方案的正规化方法.
Boruta - 所有相关的特征选择算法的一个封装
BreakoutDetection - Breakout Detection via Robust E-Statistics from Twitter.[暂时不明真相]
bst - 梯度增加.
CausalImpact - 利用贝叶斯时间序列结构模型进行因果推断.
C50 - C5.0决策树和基于规则的模型.
caret - 分类和回归训练.
Clever Algorithms For Machine Learning
CORElearn - 分类、回归、特征评价和排序.
CoxBoost - Cox models by likelihood based boosting for a single survival endpoint or competing risks.
Cubist - 规则和基于实例的回归建模
e1071 - Misc统计函数 (e1071),主要功能有类别分析、傅里叶变换,模糊聚类,支持向量机,最短路径计算,朴素贝叶斯分类器等等.
earth - 多元自适应回归模型.
elasticnet - 稀疏估计和稀疏主成分分析.
ElemStatLearn - 书籍"The Elements of Statistical Learning, Data Mining, Inference, and Prediction"中的数据集,函数和例子.
evtree - 全局最优树的进化学习.
forecast - 使用ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络进行时间序列预测.
forecastHybrid - 使用"forecast"包对ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络模型进行交叉检验.
FSelector - 一个基于subset-search或特性排名方法的特征选择框架.
frbs - 使用模糊规则系统处理分类和回归的任务.
GAMBoost -　　基于广义线性和加法模型.
gamboostLSS - GAMLSS方法的改善.
gbm - 改善广义线性模型.
glmnet - Lasso 和 elastic-net正规化广义线性模型.
glmpath - L1 Regularization Path for Generalized Linear Models and Cox Proportional Hazards Model
GMMBoost - 广义混合模型.
grplasso - Fitting user specified models with Group Lasso penalty
grpreg - Regularization paths for regression models with grouped covariates.
h2o - Deeplearning, Random forests, GBM, KMeans, PCA, GLM
hda - 异方差判别分析.
ipred - 预测器改进.
kernlab - kernlab: 基于内核学习的机器实验室.
klaR - 分类和可视化.
kohonen - 监督和非监督自组织映射.
lars - Least Angle Regression, Lasso and Forward Stagewise
lasso2 - L1 constrained estimation aka ‘lasso’
LiblineaR - 基于C/C++库的线性预测模型.
lme4 - Mixed-effects models
LogicReg - 逻辑回归模型.
maptree - 映射、修剪和图形树模型.
mboost - Model-Based Boosting
Machine Learning For Hackers
mvpart - Multivariate partitioning
MXNet - MXNet brings flexible and efficient GPU computing and state-of-art deep learning to R.
ncvreg - Regularization paths for SCAD- and MCP-penalized regression models
nnet - eed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models
oblique.tree - Oblique Trees for Classification Data
pamr - Pam: 小矩阵预测分析.
party - A Laboratory for Recursive Partytioning
partykit - A Toolkit for Recursive Partytioning
penalized - L1 (lasso and fused lasso) and L2 (ridge) penalized estimation in GLMs and in the Cox model
penalizedLDA - Penalized classification using Fisher's linear discriminant
penalizedSVM - 使用惩罚函数的特征选择支持向量机.
quantregForest - quantregForest: Quantile Regression Forests
randomForest - 随机森林: Breiman and Cutler's random forests for classification and regression.
randomForestSRC - randomForestSRC: Random Forests for Survival, Regression and Classification (RF-SRC).
rattle - 图形界面式的数据挖掘工具.
rda - Shrunken Centroids Regularized Discriminant Analysis
rdetools - Relevant Dimension Estimation (RDE) in Feature Spaces
REEMtree - Regression Trees with Random Effects for Longitudinal (Panel) Data
relaxo - Relaxed Lasso
rgenoud - R version of GENetic Optimization Using Derivatives
rgp - R基因编程框架.
Rmalschains - 使用本地文化基因算法进行连续问题优化.[这里翻译不准]. Search Chains (MA-LS-Chains) in R
rminer - 在分类和回归问题中简单的使用数据挖掘方法(如神经网络和支持向量机).
ROCR - 可视化评分分类器的性能.
RoughSets - 使用粗糙集和模糊粗糙集理论进行数据分析.
rpart - Recursive Partitioning and Regression Trees
RPMM - Recursively Partitioned Mixture Model
RSNNS - Neural Networks in R using the Stuttgart Neural Network Simulator (SNNS)
Rsomoclu - Parallel implementation of self-organizing maps.
RWeka - Weka的R接口(Weka是基于JAVA环境下开源的机器学习以及数据挖掘软件).
RXshrink - RXshrink: Maximum Likelihood Shrinkage via Generalized Ridge or Least Angle Regression
sda - Shrinkage Discriminant Analysis and CAT Score Variable Selection
SDDA - Stepwise Diagonal Discriminant Analysis
SuperLearner and subsemble - Multi-algorithm ensemble learning packages.
svmpath - svmpath: the SVM Path algorithm
tgp - Bayesian treed Gaussian process models
tree - 分类和回归树.
varSelRF - 使用随机森林进行变量选择.
xgboost - eXtreme Gradient Boosting Tree model, well known for its speed and performance.

Natural Language Processing

Packages for Natural Language Processing.

text2vec - 一个快速文本挖掘框架。 Fast Text Mining Framework for Vectorization and Word Embeddings.
tm - 一个全面的文本挖掘框架.
openNLP - Apache OpenNLP工具接口.
koRpus - 一个文本分析的R包.
zipfR - 词频分布统计模型.
NLP - 基本自然语言处理功能.
LDAvis - 主题模型的交互式可视化.
topicmodels - Topic modeling interface to the C code developed by by David M. Blei for Topic Modeling (Latent Dirichlet Allocation (LDA), and Correlated Topics Models (CTM)).
syuzhet - Extracts sentiment from text using three different sentiment dictionaries.
SnowballC - Snowball stemmers based on the C libstemmer UTF-8 library.
quanteda - 文本数据的定量分析.
Topic Models Resources - 主题模型的学习和R相关资源.
NLP for - NLP related resources in R. @Chinese

Bayesian

Packages for Bayesian Inference.

coda - 输出MCMC(马尔可夫链蒙特卡尔理论)的分析和诊断信息.
mcmc - 马尔可夫链蒙特卡尔理论(MCMC).
MCMCpack - 马尔可夫链蒙特卡尔理论 (MCMC).
R2WinBUGS - 在在R/S-PLUS中打开WinBUGS 和 OpenBUGS.
BRugs - OpenBUGS MCMC 软件的R接口.
rjags - JAGS MCMC组件的R接口.
rstan - Stan MCMC软件的R接口.

Optimization

Packages for Optimization.

minqa - Derivative-free optimization algorithms by quadratic approximation.
nloptr - 一个免费开源的非线性最优化程序包.
lpSolve - Lp_solve解决线性和整形问题的R接口.

Finance

Packages for dealing with money.

quantmod - 定量金融模型和交易框架.
TTR - 技术交易规相关的数据和功能函数.
PerformanceAnalytics - 计量经济学性能和风险分析工具.
zoo - S3 Infrastructure for Regular and Irregular Time Series.
xts - 可扩展的时间序列.
tseries - 金融时间序列分析和计算.
fAssets - 金融资产分析和建模.

Bioinformatics

Packages for processing biological datasets.

Bioconductor - 用于分析和理解高通量基因组数据的工具.
genetics - 处理基因数据的R包.
gap - 一个人口家庭遗传数据分析的综合工具.
ape - 分子系统学和进化分析.
pheatmap - 一个使用简单的热图工具.
ddpcr - Analysis and visualization of Droplet Digital PCR data.

Network Analysis

Packages to construct, analyze and visualize network data.

Network Analysis List - 网络分析相关资源.
igraph - 一个网络分析工具集合.
network - 一个操作数据关系的基本工具.
sna - 基本的网络测量和可视化工具.
netdiffuseR - 网络扩散的分析工具.
networkDynamic - 支持动态和时序网络.
ndtv - 构建动画的可视化动态网络工具,支持多种数据格式.
statnet - 大量网络数据的分析,仿真和可视化工具.
ergm - 指数随机图模型.
latentnet - Latent position and cluster models for network objects.
tnet - Network measures for weighted, two-mode and longitudinal networks.
rgexf - 从R导出网络对象到GEXF, for manipulation with network software like Gephi or Sigma.
visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化.

R Development

Packages for packages.

Package Development List - 提高整体开发能力的包.
devtools - 然R开发人员的生活变得更简单的工具.
testthat - 一个R包测试工具.
R6 - simpler, faster, lighter-weight alternative to R's built-in classes.
pryr - Make it easier to understand what's going on in R.
roxygen - 在函数定义中描述说明.
lineprof - R中在线分析结果可视化.
packrat - 让R项目更加简单,便携和可重构的工具.
installr - R中按照软件的相关函数(Windows平台).
import - R的导入机制.
modules - 另外一个R模块系统(Python风格).
Rocker - R configurations for Docker.
RStudio Addins - RStudio插件列表.
drat - Creation and use of R repositories on 使用R在GitHub或其他平台创建和使用仓储.
covr - Test coverage for your R package and (optionally) upload the results to coveralls or codecov.
lintr - R静态代码分析.
staticdocs - 为一个R包生成静态html文档.

Logging

Packages for Logging

futile.logger - R中类似log4j的日志记录包.
log4r - R中的log4j接口
logging - 一个在R中实现log4j的日志处理包.

Data Packages

Handy Data Packages

engsoccerdata - 英国和欧洲联赛结果数据(1871-2016年).
gapminder - 从Gapminder摘录的数据集.

Other Tools

Handy Tools for R

git2r - 在R中使用git.

Other Interpreters

Alternative R engines.

CXXR - Refactorising R into C++.
fastR - FastR is an implementation of the R Language in Java atop Truffle and Graal.
incanter - Clojure-based, R-like statistical computing and graphics environment for the JVM with Lisp spirit.
pqR - 一个更快的R实现.
renjin - 一个基于JVM的R编译器.
rho - Refactor the interpreter of the R language into a fully-compatible, efficient, VM for R.
riposte - 一个R快速编译和JIT工具.
RRO - R革命性开放平台(Microsoft R Open).
TERR - R的TIBCO企业运行环境.

Learning R

Packages for Learning R.

swirl - 一个在R控制台中交互式学习指南.
DataScienceR - 一个数据科学,神经网络,和机器学习的指南.

Resources

发现新的R资源的地方.

Websites

R-project - R 项目的官方网站.
R Bloggers - R语言的一个综合性博客网站.
DataCamp - 在线学习R数据分析.
Quick-R - 一个非常好的快速参考手册.
Advanced R - 书籍高级R编程的在线版.
Efficient R Programming - 书籍"Efficient R Programming"的在线主页.
CRAN Task Views - CRAN包的任务列表.
The R Programming Wikibook - 一个R协作手册
R-users - R语言的求职板块.
R Cookbook - 一个R问答网站,由[R Graphics Cookbook]进行支持(http://shop.oreilly.com/product/0636920023135.do).
tryR - 快速开始使用R.
RDocumentation - 使用RDocumentation搜索所有的CRAN, Bioconductor, Github包和文档.

Books

R Books List - R相关书籍清单.
The Art of R Programming - 一个很好的资源,可以系统地学习基础类型的对象,控制语句,变量的范围,以及调试等.
Free Books - CRAN贡献的多种语言文档. Contributed Documentation in many languages.
R Cookbook - 快速简单的介绍R及相关常见的统计任务.
Johns Hopkins编写的数据科学专业的一部分教程:
- Exploratory Data Analysis with R - 基本的各种数据分析技能. * R Programming for Data Science - 依赖于R的一些高级数据分析. * Report Writing for Data Science in R - R语言的报表生成和可重用组件研究.
R Packages - 一个用R包编写的书籍 (有论文和网站2钟格式).
R in Action - 一本旨在帮助所有级别R用户的书籍.
Use R! - This series of inexpensive and focused books from Springer publish shorter books aimed at practitioners. Books can discuss the use of R in a particular subject area, such as Bayesian networks, ggplot2 and Rcpp.
R for SAS and SPSS users - 一个对已经熟悉SAS和SPASS用户的资源库.
An Introduction to R - 一个很好的介绍R的文章,也涵盖了一些高级主题.
Introduction to Statistical Learning with Application in R - A simplified and "operational" version of The Elements of Statistical Learning. Free softcopy provided by its authors.
The R Inferno - Patrick Burns gives insight into R's ins and outs along with its quirks!
R for Data Science - Free book from RStudio developers with emphasis on data science workflow.

Podcasts

Not So Standard Deviations - 数据科学博客
- @Roger Peng and @Hilary Parker.
R World News - R行业的社区新闻,可以让你与时俱进.
- @Bob Rudis and @Jay Jacobs.
The R-Podcast - 使用R的一些实践建议.
- @Eric Nantz.
R Talk - 关于R语言和统计软件的新闻和讨论.
- @Oliver Keyes, @Jasmine Dumas, @Ted Hart and @Mikhail Popov.

Reference Cards

R Reference Card 2.0 - Material from R for Beginners by permission of Emmanuel Paradis (Version 2 by Matt Baggott).
Regression Analysis Refcard - R Reference Card for Regression Analysis.
Reference Card for ESS - Reference Card for ESS.
R Markdown Cheat sheet - Quick reference guide for writing reports with R Markdown.
Shiny Cheat sheet - Quick reference guide for building Shiny apps.
ggplot2 Cheat sheet - Quick reference guide for data visualisation with ggplot2.
devtools Cheat sheet - Quick reference guide to package development in R.

MOOCs

Massive open online courses.

The Analytics Edge - Hands-on introduction to data analysis with R from MITx.
Johns Hopkins University Data Science Specialization - 9 courses including: Introduction to R, literate analysis tools, Shiny and some more.
HarvardX Biomedical Data Science - Introduction to R for the Life Sciences.
Explore Statistics with R - Covers introduction, data handling and statistical analysis in R.

Lists

Great resources for learning domain knowledge.

Books - R书籍清单.
DataScienceR - R数据科学、神经网络和机器学习的指南清单.
ggplot2 Extensions - ggplot2扩展案例.
Natural Language Processing - R. @Chinese中NLP 相关资源
Network Analysis - 网络分析相关资源.
Open Data - 使用R获取,转换,操作,创建和贡献数据.
Posts - 创建R博客或者文章.
Package Development - 提高包开发的资源工具.
R Project Conferences - 使用R的相关信息,DSC会议.
RStartHere - 一些非常有用的R包指南.
RStudio Addins - RStudio插件清单.
Topic Models - 主题模型的学习和R相关资源.
Web Technologies - 如何使用R和万维网的信息.

Other Awesome Lists

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