stathmin / primate_metabolomics

primate_metabolomics

Сложность: ⭐⭐⭐

Дано

Концентрации метаболитов, измеренных в мозге, почках и мышцах человека, шимпанзе и макаки. Про каждый образец известен пол, возраст и отличается ли он по технологии — колонка outlier (файлы pbio.1001871.s016 и pbio.1001871.s022).

Локальные копии таблиц сохранены в папке data проекта.

Условные обозначения

Название	Определение
Human	Образцы человека
Chimp	Образцы шимпанзе
Rhesus	Образцы макаки
PFC	Префронтальная кора мозга
V1	Первичная визуальная кора
CBC	Мозжечок
Kidney	Почки
Muscle	Мышцы
lc_pos-Peak_	Типичное обозначение одного метаболита
HMDB	Идентификатор метаболита в БД HMDB, для тех метаболитов, которые удалось четко идентифицировать

Что можно посмотреть

• Можно ли по метаболитам различить каждого из приматов? Во всех тканях?
• Человек-специфичные метаболиты. Есть ли они, в каких тканях и сколько? Сильно ли различие?
• Аналогично можно посчитать шимпанзе- и макака-специфичные метаболиты
• Есть ли влияние пола на поведение метаболитов внутри каждого вида в каждой ткани?
• Есть ли влияние возраста на поведение метаболитов внутри каждого вида в каждой ткани?

Препроцессинг

1. Посмотрите на обе таблицы.
2. Определите, какой формат данных использован в каждом случае (широкий или длинный).
3. Попробуйте привести таблицы к одинаковому формату
4. Попробуйте соединить обе таблицы в одну.

primate_metabolomics's Issues

Naming conventions for compatibility

Write down here the names and classes of the objects, you've implemented in your branches, you are planning to use after the table merge stage.