thk9178 / cheminformatics

useful codes in cheminformatics

Cheminformatics

• useful codes in cheminformatics
• 화학정보학 연구 과정 중에서 활용할 수 있는 기본적인 코드

Contents

01_SMILES_canonicalization.ipynb (RDKit)

• 다수의 SMILES 를 canonical SMILES 로 변환하는 방법

02_substructure_matching.ipynb (RDKit)

• 많은 SMILES 데이터 중 관심있는 substructure 를 가지는 분자만 filtering 하는 방법

03_highlight_substructure.ipynb (RDKit)

• 분자 구조 이미지에 강조할 substructure 를 표시, 이미지로 저장하는 방법

04_Oligomer_SMILES_to_3D.ipynb (RDKit)

• 3D 고분자 구조를 생성하기 위해, 우선적으로 oligomer SMILES 에서 시작하여 SDF 파일 형식으로 UFF 로 최적화된 3D 고분자 구조들을 생성.
• 04_PMDA-PDA 는 생성된 3D 고분자 구조의 예시.