LINKVIEW 是一个将序列比对结果(或其它任何适合的数据)进行可视化作图的工具。
本工具设计灵感来源于circos软件,因为在日常工作中需要对blast比对结果进行可视化显示,但是找不到合适的软件(circos仅能作环状的图),所以开发了这款工具。
使用LINKVIEW可以绘制出整体或局部的比对情况,支持自定义高亮、导入gff文件以绘制基因结构、有多种风格供选择。请看效果图:
在 ptyhon 2.7.9 和 3.6.2 测试通过
svg 转 png 时需要调用 inkscape, 在 inkscape 0.91 测试通过
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输入文件 在使用LINKVIEW作图前,需要先准备一个alignment文件,可以自定义,也可以直接使用blastn或MUMmer的比对结果。 自定义的输入文件格式如下:
chr1 start1 end1 chr2 start2 end2 [color:opacity]
该文件每行为一个alignment。 chr1和chr2表示序列(染色体)名称; start1、end1、start2、end2为位点位置(bp,整数),表示chr1的start1到end1比对上chr2的start2到end2; color:opacity 表示该比对块绘制的颜色和透明度,可以省略,缺省值按照指定的风格有所不同。可以直接将比对软件的输出作为LINKVIEW的输入文件,目前支持blastn(tabular格式,见example3)和MUMmer(show-coords生成的文件,见example1), 以及minimap2(paf格式)
当准备好输入文件后,即可运行LINKVIEW:
./LINKVIEW.py [-t TYPE] input
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KARYOTYPE文件 若不指定KARYOTYPE文件,LINKVIEW会绘制输入文件中的所有染色体,并自动分配它们在图中的位置。 通过-k参数指定一个KARYOTYPE文件,可以指定需要绘制的染色体及其在图中的位置和所需绘制的区间。 KARYOTYPE 格式下:
chr1[:start1:end1] chr2[:start2:end2] chr3[:start3:end3]
每一行对应图中的每一横排,上面内容的含义是将chr1和chr2绘制在第一横排,且chr1在左,chr2在右,chr3绘制在第二横排; start和end指定需要绘制的该染色体的区间,可以省略,若省略,则LINKVIEW会根据输入文件计算出包含所有alignment的最小区间。
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HIGHLIGHT文件 LINKVIEW 可以将染色体上部分区段高亮显示。 通过 -hl参数指定一个HIGHLIGHT文件,格式如下:
chr start end [color]
该文件每一行表示一个高亮区块,上面内容表示chr的start到end区间显示为高亮, 颜色可以省略,默认颜色为red
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CHR_LEN文件 通过--chr_len参数指定CHR_LEN文件,格式如下:
chr1 len1 chr2 len2
该文件指定每条染色体的长度,如果指定该文件,KARYOTYPE文件中指定的染色体区间不完整展示时,没展示的部分将以一条短横线代替
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其它参数
-o, --output | 输出文件的前缀 |
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-n, --no_label | 不显示标签 |
--label_font_size | 标签字体大小 |
--label_angle | 标签旋转角度 |
--chro_axis | 显示刻度(仅对第一横排和最后一横排有效) |
--chro_axis_density | 大于0的值,对于控制刻度的稠密程度有一定作用 |
--show_pos_with_label | 显示标签的同时,也显示染色体的区间位置信息 |
--scale | 在右下角绘制的比例尺线段图例的大小,默认为自动大小 |
--gff | 指定gff文件以绘制基因结构 |
--bezier | 比对块绘制成贝塞尔曲线风格 |
--style | 改变绘图风格,目前有两种样式分别是classic和simple,前者颜色较深,后者较浅 |
--min_identity | 用于过滤alignment |
--min_alignment_length | |
--max_evalue | |
--min_bit_score |
值得注意的是,可以通过-p指定PARAMETER文件,为每一横排指定参数,PARAMETER文件的每一行对应作图的每一横排,格式为parameter=value,例如:
chro_axis=1 label_angle=30
label_font_size=20
上面内容的含义是,作图的第一横排显示刻度,标签旋转30°,第二横排字体大小为20px
- 2020.05.22: 输入文件可以同时指定多个,通过逗号(,)分隔;KARYOTYPE文件文件中可以重复写同一个序列名
- 2020.06.01:输入文件格式支持minimap2的输出格式paf
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