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R语言忍者秘笈

R语言忍者秘笈

很久以前我就提议把COS论坛上的R语言历史问题整理一下，必可成为一本国产经典书籍，但我们一直没动手。一方面我没时间，另一方面我还在等一个合适的写作工具。现在，我还是没太多时间，也没等到工具，所以我只好自己发明了一个工具，就是knitr，自己的工具必然顺手，比那狗血的Sweave灵活很多，它也顺便和GitHub/markdown一起解决了时间稀缺的问题，因为我不必找一大块时间来专注写作，只要我有几分钟时间，我就可以打开记事本写几行，反正GIT可以离线工作，markdown写起来也超级简单，跟写日志似的。最终“压倒骆驼的那根稻草”其实是pandoc，我埋头研究了几天之后决定，以后写东西尽量避免LaTeX，因为有pandoc在，大多数文档格式都不成问题了，我可以从md转HTML，也可以转Word，或LaTeX。LaTeX说让用户专注写作，不管格式，作为有八年经验的LaTeX用户，我认为这是LaTeX最大的谎言，劳资天天在忧心那图片是否浮动有没有？！

所以，我们用markdown写，完稿再排版。knitr使得我们只需要关注源代码，不用管输出，所有输出都是通过运行代码而得到的，这是文学化编程的**。没有复制没有粘贴，一切自动化。本书离完成尚有很长一段距离，目前的书稿可以在https://bookdown.org/yihui/r-ninja/预览。

那么这本书的内容写什么？一个不完整大纲：

1. 安装R
2. 编辑器
   • RStudio
   • Emacs
3. 数据结构
   • 向量，向量化运算
4. 文本数据
   • 编码问题
   • 正则表达式
5. OO特征
   • S3, S4, reference classes
6. 图形
7. 网络数据
   • download.files
   • XML
   • RCurl
   • 社会网络分析
     • 微博
     • 人人
8. 统计模型
9. 数据库
10. 数据挖掘
11. 自动化报告
12. 高性能计算
13. 程序包
    • 嵌C代码
    • 嵌Rcpp代码
    • roxygen(2)写文档
    • Profiling
    • 单元测试
14. Linux
15. 版本控制
    • GIT
    • GitHub
16. Web编程
    • rApache
    • Rserve
    • Rook

希望大家可以想一些更有创意的标题，比如圣斗士体，“死斗！显式循环炼狱之卷”，“集合！分布式与并行计算之卷”，或火影体，等等。

本库中所有内容遵守CC BY-NC-SA 3.0协议，请君自重，别没事儿拿去传个什么新浪爱问百度文库以及XX经济论坛。有问题请到Issues里面报告。

r-ninja's Issues

请教各位大牛，用Recharts连接echarts后，怎么设置Recharts中的参数？？

请问用R通过Rcharts接口，调用echarts时，怎样配置opt参数？

编译的错误

刚接触 bookdown，找到了这个模板，按着 bookdown 建议的步骤，除了 pandoc 版本比较落后外，其他都更新到最新了。出现如下这个问题，可以哪位遇到过。谢谢。

sessionInfo()
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Deepin 15

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/libopenblasp-r0.2.19.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=zh_CN.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=zh_CN.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=zh_CN.UTF-8     LC_MONETARY=zh_CN.UTF-8    LC_MESSAGES=zh_CN.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=zh_CN.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=zh_CN.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.4.1  backports_1.1.0 bookdown_0.5    magrittr_1.5    rprojroot_1.2  
 [6] htmltools_0.3.6 tools_3.4.1     yaml_2.1.14     Rcpp_0.12.12    stringi_1.1.5  
[11] rmarkdown_1.6   knitr_1.17      stringr_1.2.0   digest_0.6.12   evaluate_0.10.1

弹出的错误如下，点击 build book(bookdown::pdf_book)。

Quitting from lines 933-937 (r-ninja.Rmd) 
Error in library(rmini) : there is no package called 'rmini'
Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> library
此外: Warning message:
In 1:3 + 1:2 : 长的对象长度不是短的对象长度的整倍数
Please delete r-ninja.Rmd after you finish debugging the error.
停止执行

参考文献设置问题

在18-renferences.Rmd
r if (knitr:::is_html_output()) '# 参考文献 {#reference .unnumbered}'

knitr::write_bib(
  .packages(),
  'packages.bib'
)

我们可以看到packages.bib被生成,
内容如下
@Manual{R-base,
title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
author = {{R Core Team}},
organization = {R Foundation for Statistical Computing},
address = {Vienna, Austria},
year = {2016},
url = {https://www.R-project.org/},
}
@Manual{R-rmini,
title = {rmini: A Minimal R Package as an Example of Writing R Packages},
author = {Yihui Xie},
year = {2014},
note = {R package version 0.0.4},
url = {https://github.com/yihui/rmini},
}

但是生成的html中的参考文献只有
R Core Team. 2016. R: A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing. https://www.R-project.org/.

为什么对不上？

是我哪里错了么？

@yihui

thanks

bookdown对于pdf中文的支持问题？

我尝试使用bookdown来写中文文章（使用xelatex编译），发现bookdown对于作者名称、文章标题，章节的中文的支持都有问题，可以提供一个模板么？多谢！

火影终结了

how to pow

这里的章节不全吗

比方说没有02, 05到10等等。。

R 快速运算总结

http://cos.name/cn/topic/104109

knitr包 中奇怪的 Rmd 与 Rhtml 全局选项

5.2 knitr包 中

• Rhtml 全局选项放在<!--roptions -->中
• Rmd 全局选项放在 `ro or` 中

是什么意思啊？ 在 R chunk 用 opts_chunk$set() 不就好了吗。表示从来没有听说过，放狗搜也找不到

添加数据操作一章怎么样

大纲

• 数据操作
  • 子集 subset
  • 合并 merge
  • 变换 transform
  • 聚合 aggregate
  • 重塑 reshape
  • 排序 order
  • 索引 [ [[

请问了解R代码混淆或加密的方法以及工具么？

项目需要部署在客户的服务器上，想进行简单的混淆或者加密，发现R没有这方面的工具，除了定制R解释器外，还有什么办法么？

一些资料链接

• https://ironholds.org/projects/rbitrary/
• http://wrathematics.github.io/RparallelGuide/
• https://github.com/rstudio/r-builds

安装开发的包时自动安装所必须的其他包的问题

我工作中遇到个问题，我自己开发了一个包，要分享给同事用。但是由于项目保密需要，不能放在cran或者其他公开平台上，只能用zip包从本地安装。然后遇到的问题就是，同事安装完我自己开发的包，还是要根据提示手动把其他需要的包一个个下载安装好，请问没有没什么办法可以像cran上安装包那样自动检测并安装必须的所有的包呢？谢谢！我觉得这部分放在package这章应该挺有用的。

关于Linux要写些什么？

关于Linux要写些什么？

力所能及的话，那我就去挖坑了。

roxygen annotation

This book is really useful. A naive question: Which files need to provide roxygen annotation? roxygenize('rmini') will creat all the Rd files right? How to determine the fileanme of the Rd files?

在macOS下编译的两个问题

刚开始用bookdown，macOS 10.12.3，RStudio 1.0.138，遇到两个问题：

1. Build Book时出现如下错误信息：

Quitting from lines 399-404 (r-ninja.Rmd) 
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> readLines -> file
Execution halted

Exited with status 1.

发现出问题的行是402行xie = readLines('http://yihui.name') # 我的主页，在命令行下访问 https://yihui.name 成功，但是http会出错。

2. 修改之后再点Build Book，错误依旧，发现修改被重置了……

写作规范

我看你给现在还open的那个Pull request提了很多意见@yihui， 不如专门发布一个写作规范吧。省得提交新内容后又得改同样的错误。 粗略整理如下

1. 标点格式

   1. 破折号和书名号之间不必空格
   2. 标点一律用中文的，包括（）：等
   3. 中英文之间暂时不要空格吧，将来xeCJK可以自动调整空格。
   4. 列表项统一用-，打字方便，少按一次Shift
   5. 包的名字用粗体，俩星号围起来

2. 内容风格

   1. 不写明版本号，如R-x.x.x.tar.gz
   2. 参考文献不列就不列，要列的话就直接在正文中写好了，以正文或脚注形式（比如Tufte样式）。
   3. R的手册提名字和大概位置就可以了，不必列入文献
   4. 图片使用PNG格式（请传imgur.com，完稿统一下载到本地）……GIF难入TeX大门。
   5. 能写例子的时候就多写点例子，不要让读者去想象去猜去查。

两个问题

@yihui github不支持对md文件的按行评论？连md文件的按行引用也木有？

• setup一章中 language = en 的 en 似乎用大写的 EN 更准确?
• setup一章中 「用自定义方式安装」的写作策略需调整 2.15.0抛弃了多数安装选项 基本不可定制了 截图也需要更新

R 3.4.1又可以选择了不安装消息翻译文件了

2.1.1 中 「用自定义方式安装」的写作策略需调整, 3.4.1又可以选择了不安装消息翻译文件了 @yihui

新的截图如下

顺便说一句，即使你不勾选翻译文件，用RStudio时也还是会给你蹦出几个汉字来。还是得设置Rconsole才能让R老老实实地说英语。

How to convert .Rmd into .MediaWiki format in R studio?

Hi Yihui,

Hope to get some suggestion from you about How to convert .Rmd into .MediaWiki format in R studio?

I have done that in linux server since in the linux, Rmd will creat md temporary file, and I can transfer md to MediaWiki by pandoc. however, in the windows, md is not created and no output: MediaWiki option.

Another question is when I output Rmd to html, the figures will insert into the html page? what will happened if I transfer Rmd to md? where the figure can be found in this situation?

Thanks.

Shicheng